دانلود پایان نامه:جداسازی و تشخیص مولکولی پاراکوویروس های انسانی از نمونه کلینیکی کودکان مبتلا به گاستروانتریت به روش تکنیک مولکولی RT_PCR

متن کامل پایان نامه مقطع کارشناسی ارشد رشته :زیست شناسی

گرایش :میکروبیولوژی

عنوان : جداسازی و تشخیص مولکولی پاراکوویروس های انسانی از نمونه کلینیکی کودکان مبتلا به گاستروانتریت به روش تکنیک مولکولی RT_PCR

دانشگاه آزاد اسلامی

 واحد علوم دارویی  

دانشکده علوم و فناوری های نوین

 

پایان نامه برای دریافت درجه کارشناسی ارشد

گروه زیست شناسی

گرایش :میکروبیولوژی

 

عنوان:

جداسازی و تشخیص مولکولی پاراکوویروس های انسانی از نمونه کلینیکی کودکان مبتلا به گاستروانتریت به روش تکنیک مولکولی RT_PCR

استاد راهنما:

سرکار خانم دکتر فریده قاضی

 

برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده پایان نامه درج نمی شود

(در فایل دانلودی نام نویسنده موجود است)

تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :

(ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)

 

فهرست مطالب                                                                     عنوان

خلاصه فارسی1.……..…………………………………..………………………………………………………………………

مقدمه ……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….. 2

(1-1 تاریخچه پیکورنا ویروس ها ………………………………………………………………………………………………………………………………………. 3

(2-1 تقسیم بندی پیکورنا ویورس ها ……………………………………………………………………………………………………………………………….  4

(3-1 خصوصیات فیزیکی و شیمیایی ………………………………………………………………………………………………………………………………… 8

(4-1 ساختمان پیکورنا ویروس ها …………………………………………………………………………………………………………………………………….. 8

(5-1 ساختار ژنوم در پیکورنا ویروس ها ………………………………………………………………………………………………………………………..  13.

(6-1 سیکل تکثیر پیکورنا ویورس ها ……………………………………………………………………………………………………………………………… 16.

(7-1 ترجمه ژنوم پیکورنا ویروس ها ………………………………………………………………………………………………………………………………… 23

(8-1 پردازش پلی پروتئین در پیکورنا ویروس ها ……………………………………………………………………………………………………………. 23

(1-8-1 پروتئین L …………………………………………………………………………………………………………………………………………………………… 24

(2-8-1 پروتئین 2A ……………………………………………………………………………………………………………………………………………………….. 24

(3-8-1 پروتئین 3C ………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..24.

(9-1 تکثیر ژنوم و سنتز mRNA ………………………………………………………………………………………………………………………………….. 25.

(1-9-1 RNA پلیمراز وابسته به RNA ویروسی …………………………………………………………………………………………………………. 26

(2-9-1 پروتئین 3D  ……………………………………………………………………………………………………………………………………………………… 26

(10-1 نقش پروتئین های کمکی در تکثیر ژنوم ……………………………………………………………………………………………………………. 27

(1-10-1 پروتئین 2B ……………………………………………………………………………………………………………………………………………………. 27

(2-10-1 پروتئین 2C ……………………………………………………………………………………………………………………………………………………. 27

(3-10-1 پروتئین 3AB ……………………………………………………………………………………………………………………………………………… 27.

(4-10-1 پروتئین فرعی سلول ……………………………………………………………………………………………………………………………………….. 28.

(5-10-1 پروتئین متصل کننده پرایمر برای سنتز RNA …………………………………………………………………………………………….. 28.

(11-1 محل سنتز RNA در سلول ………………………………………………………………………………………………………………………………….. 29

(12-1 چگونگی تشخیص RNA ویروسی و سلولی از یکدیگر ……………………………………………………………………………………….. 31

(13-1 مرحله تجمع و تشکیل ذرات عفونی …………………………………………………………………………………………………………………….. 32

(14-1 پاراکوویروس …………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..33

(1-14-1 جداسازی و خصوصیات اولیه پاراکوویروس ………………………………………………………………………………………………………. 33

(2-14-1 پروتئین های پاراکوویروس ……………………………………………………………………………………………………………………………….. 34

(3-14-1 پردازش پروتئین در پاراکوویروس ها ………………………………………………………………………………………………………………… 35

(4-14-1 توالی 5´-UTR در پاراکوویروس ها ………………………………………………………………………………………………………………….. 36

(5-14-1 ارتباط ژنتیکی پاراکوویروس ها با پیکورنا ویروس های دیگر …………………………………………………………………………… 38

(6-14-1 تداخلات بین HPeV1-2 با سطح سلولهای حساس  ………………………………………………………………………………………39

(7-14-1 عوارض کلینیکی و اپیدومیولوژی پاراکوویروس ها ……………………………………………………………………………………………. 41

(8-14-1 ویروس های مرتبط با پاراکوویروس ها در حیوانات …………………………………………………………………………………………. 41

جداول:

جدول 1) اعضای خانواده پیکورنا ویریده ………………………………………………………………………………………………………………………….. 4

جدول 2) گیرنده ها و کمک گیرنده های مورد استفاده در پیکورنا ویروس …………………………………………………………………… 19

جدول 3) میزان تشابه توالی اسیدهای آمینه بینHPEV-1  وHPEV-2   …………………………………………………………..43…….

جدول 4)  تهیه محیط کشت………………………………………………………………………………………………………………………………………………..55

جدول 5) تهیه محلول های مورد نیاز برای استخراج پلاسمید…………………………………………………………………………………………….57

جدول 6) توالی و موقعیت پرایمرهای طراحی شده برای ناحیه5´ UTR ……………………………………………………………………….. 59

جدول 7) نتیجه مقایسه سکانس توالی های 5UTR  با بانک ژنی به روش blast…………………………………………………………………. 65

جدول 8 )نتایج blast محصول PCR ………………………………………………………………………………………. …………………………………………….73

جدول 9- فراوانی نمونه های مثبت پاراکوویروس های انسانی کودکان مبتلا به گاستروآنتریت بر اساس PCR……………….76

جدول10 – فراوانی نمونه های مثبت پاراکوویروس های انسانی کودکان مبتلا به گاستروآنتریت  برحسب جنس….…………76

جدول11- فراوانی نمونه های مثبت پاراکوویروس های انسانی کودکان مبتلا به گاستروآنتریت  برحسب سن..…….…………76

جدول 12- فراوانی نمونه های مثبت پاراکوویروس های انسانی کودکان مبتلا به گاستروآنتریت  برحسب فصل…..………….76

نمودار:

نمودار1- فراوانی نمونه های مثبت پاراکوویروس های انسانی کودکان مبتلا به گاستروآنتریت بر اساس PCR………..…….77

نمودار-2 فراوانی نمونه های مثبت پاراکوویروس های انسانی کودکان مبتلا به گاستروآنتریت  برحسب جنس………………77

نمودار-3 فراوانی نمونه های مثبت پاراکوویروس های انسانی کودکان مبتلا به گاستروآنتریت  برحسب سن……..………..78.

نمودار4 – فراوانی نمونه های مثبت پاراکوویروس های انسانی کودکان مبتلا به گاستروآنتریت  برحسب فصل……..………78

 اشکال:

شکل 1) نمای شماتیک کپسید ویروس ها ………………………………………………………………………………………………………………………. 9…..

شکل 2) دیاگرام شماتیک 8 زنجیره β ………………………………………………….. ……………………………………………………. 11

شکل 3) مدلی از پولیوویروس تیپ 1 .………………………………………………………………………. ………………………… 11

شکل 4) تداخلات میریستات با پروتئین های سطح ویروس  …………………………………………………………………………………………….. 13

شکل 5) تصویر شماتیک ژنوم پیکورنا ویروس ها ……………………………………………………………………………………………………………….. 13

شکل 6) دو تیپ اصلی از IRES در پیکورنا ویروس ها ……………………………………………………………………………………………………… 15

شکل 7) چرخه تکثیر پیکورناویروس …………………………………………………………………………………………………………………………………… 17

شکل 8) تصویر شماتیکی از Canyon …………………………………………………………………… …… …………………….20

شکل 9) شکاف Canyon و نحوه قرار گرفتن دارو در VP1 ……………………………………………………………………………………………… 20

شکل 10) مدل دخول پیکورنا ویروسها به درون سلول ………………………………………………………………………………………………………. 22

شکل 11) مکانیسم فرضی برای عبور RNA پیکورنا ویروس ها از عرض غشا ……………………………………………………………….. 22

شکل 12) تصویر سه بعدی از 3C pro ویروس هپاتیت A ، 2A pro رینو ویروس و  FMDV Lpro …………………………… 25…..

شکل 13) نحوه اتصال vpg به ابتدای ژنوم پیکورنا ویروسها، محل کلیواژ vpg………………………………………………………….. 29……

شکل 14) سنتز RNA و ترجمه پروتئین …………………………………………………………………… ………………………………………………….. 30

شکل 15) مدل سنتز ssRNA پولوویروس ……………………………………………………………………………………………………………………… 31

شکل 16) مراحل ساخته شدن واحدهای ساختمانی و عملکرد 3CD pro در این مرحله ……………………………………………….. 32

شکل 17) مراحل مرفوژنز پیکورنا ویرس ها ……………………………………………………………………………………………………………………… 33

شکل 18) کلیواژ اولیه پروتئین پیکورنا ویروس ها …………………………………………………………………………………………………………… 36

شکل 19) دیاگرام شماتیک ساختار ثانویه ………………………………………………………………………………………………………………………… 37

شکل 20) دندروگرافی براساس پروتئین  VP3 در پیکورنا ویروس ها ……………………………………………………………………………… 38

شکل 21) مقایسه توالی اسید آمینه ای در انتهای کربوسیلی از VP1 در بین پاراکوویروس ها و CAV ………………………. 39.

شکل 22) نتایج Plaque assay پاراکوویروس انسانی تیپ 1 ……………………………………………………………………………………….. 40

شکل 23) ارتباط فیلوژنیک بین پاراکوویروس ها و ایزوله های تازه جداشده از ویروس L jungan درحیوانات……………..42

 فصل اول

کلیات………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….44

  • بیان مساله…………………………………………………………………………………………………………………………………………………..45

(2-1 فرضیه……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………46                                                            (3-1اهداف تحقیق…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….. 47

1-4)ضرورت انجام تحقیق………………………………………………………………………………………………………………………………………………………47                                                               

فصل دوم

مروری بر متون گذشته………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….48

                                                                 فصل سوم 

مواد و روش ها…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….51

(1-3آماده سازی میکروتیوب و سرسمپلرها…………………………………………………………………………………………………………………………52

(2-3  مواد لازم برای تهیه سوسپانسیون ……………………………………………………………………………………………………………………………..52

(3-3 جداسازی RNA و ساخت cDNA…………………………………………………………………………………………………………………………….53

(4-3سنتز cDNA…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………54

3-5) Compatent……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….55

3-6) ترا نسفورم………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………56

Mini prep protocol ( 7-3 (استخراج پلاسمید)……………………………………………………………………………………………………………58

PCR (8-3……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..58

(9-3 روش تهیه ژل آگارز………………………………………………………………………………………………………………………………………………………60

(10-3 روش آماده سازی مارکر 1kb……………………………………………………………………………………………………………………………………60

11-3)تکنیک الکتروفورز………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..61

(12-3تهیه بافر الکتروفورز 1x………………………………………………………………………………………………………………………………………………61

(13-3روش استخراج DNA‌از ژل …………………………………………………………………………………………………………………………………….61

فصل چهارم

نتایج…………………………………………………………………………………………………………………………………………………….63

مقایسه blast برخی توالی های مثبت با توالی موجود در بانک ژنی…………………………………………………………………………………..66

                                                                 فصل پنجم

بحث و نتیجه گیری…………………………………………………………………………………………………………………………………………………..79

بحث………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….80

نتیجه گیری………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………84

توصیه ها و پیشنهادات……………………………………………………………………………………………………………………………………………..85

منابع………………………………………………………………………………………………………………………………………………..86

خلاصه انگلیسی…………………………………………………………………………………………………………………………….100.          

خلاصه:

پار اکو ویروس انسانی که به خانواده پیکورنا ویروس ها تعلق دارد, بدون غشا بوده و دارای ژنوم   RNAتک رشته با قطبیت مثبت می باشد . اندازه ژنوم این ویروسKb 4/8 – 2 /7می باشد. این ویروس با بروز عفونت های گوارشی و تنفسی و گاهی عفونت های سیستم اعصاب مرکزی مرتبط است. از آنجا یی که هیچ اطلاعات درستی در مورد ژنوتایپ این ویروس در ایران وجود نداشته است این مطالعه  به منظور تشخیص سریع , تعیین ژنوتایپ این ویروس در نمونه های مدفوع کودکان  ایرانی زیر چهار سال مبتلا به گاستروآنتریت طراحی شده است. RNA از سوسپانسیون مدفوع استخراج شده وcDNA  تهیه  گردید و nested PCR  با پرایمرهای اختصاصی انجام شد و محصول  PCRاز ژل آگارز استخراج و تعیین توالی گردید . نتایج نشان داد که تکنیک RT-PCR برای تشخیص مستقیم HPeV  در نمونه های کلینیکی کاربردی تر, حساس تر , سریعتر از  روش کشت سلولی می باشد. این موضوع تایید میکند که روش RT-PCR روشی برتر برای تشخیص این ویروس درزمانی کوتاهتر و با هزینه کمتر می باشد. همچنین تشخیص سریع می تواند مانع مصرف بی رویه آنتی بیوتیک گردد.

کلمات کلیدی :  پیکورناویروس- پاراکوویروس انسانی- گاستروآنتریت

مقدمه

1-1 )تاریخچه پیکورنا ویروس:                                                                                                                                                                                                                                       

پیکورنا ویروس ها دلیل نام آنها کوچکی آنهاست که پیکو(Pico) به زبان آلمانی به معنای کوچک است یعنی  ویروسهای کوچک RNA دار, و پاراکوویروس از خانواده پیکورنا ویروس ها می باشد.

پیکورنا ویروس ها، ویروس های کروی شکلی هستند که دارای ژنوم RNA ی تک زنجیره با قطبیت مثبت  (+ssRNA)  می باشند.اندازه این ویروس ها از kb 7.2 در (ردیف ویروس انسانی) تا Kb 7.4 در (پولیوویروس، هپاتیتA) و تا kb8.4 در (آفتو ویروس ها) متغیر است (1).

پیکورنا ویروس ها نقش شگرفی در پیشرفت ویروس شناسی مدرن داشته اند، به طوریکه FMDV[1] اولین ویروس حیوانی بود که در سال 1898 توسط Frosch , Loeffler کشف گردیده. ده سال بعد در اواخر قرن بیستم، با ظهور اپیدمی پولیومیلیت شاهد ایزوله شدن عامل این عفونت (پولیوویروس) توسط popper , landsteinerk بودیم. 40سال بعد دریافتند که پولیوویروس قادر است در کشت سلولی رشد نماید. این یافته آغاز راهی برای مطالعه تکثیر ویروسها بود. سپس اندازه گیری پلاک (Plaque assay) به عنوان یک روش استاندارد در اندازه گیری عفونت زایی پولیوویروس به کار گرفته شد (3,2).

اولین RNA پلیمراز مرتبط با RNA در مننگوویروس (Mengovirus) شناسایی گردید (1) .

با انجام مطالعات بیشتر مشخص شد که ویروس ها برای ورود به سلول از یکسری گیرنده های خاص استفاده می کنند که مختص آن ویروس ها بوده و برای ورود ویروس به سلول ضروری می باشند.

پروتئین های پیکورنا ویروس ها به صورت یک پارچه سنتز شده و توسط یک یا دو پروتئین که خاصیت پروتئازی دارند بصورت آبشاری ودنبال هم می شکند و بسته به نوع ویروس12,11,10 پروتئین مجزا دارند. این پیش سازهای پروتئینی شامل2A , 3C , 3D است که نقش مهمی در همانندسازی و تکثیر ویروس دارند. به طورکلی این پروتئین ها غیر ساختمانی بوده. و فعالیتهای آنزیمی او شبه آنزیمی دارند.

بسیاری از پیکورنا ویروسها بیماریهای مختلفی در انسان ایجاد می کنند. از فلج شدید تا مننژیت اسپتیک، میوکاردیت، ضایعات وزیکولر و گزانتمی پوستی، ضایعات جلدی مخاطی، بیماری های تنفسی، بیماری های چشمی و… جدی ترین بیماری که توسط پیکورنا ویروس ها در انسان به وجود می آید پولیومیلیت است که اشکال تحت بالینی این بیماری از بیمارهای بالینی آن شایع تر می باشد (1).

تعداد صفحه : 127

قیمت : 14000تومان

بلافاصله پس از پرداخت ، لینک دانلود پایان نامه به شما نشان داده می شود

و در ضمن فایل خریداری شده به ایمیل شما ارسال می شود.

پشتیبانی سایت :        09199970560        info@arshadha.ir

در صورتی که مشکلی با پرداخت آنلاین دارید می توانید مبلغ مورد نظر برای هر فایل را کارت به کارت کرده و فایل درخواستی و اطلاعات واریز را به ایمیل ما ارسال کنید تا فایل را از طریق ایمیل دریافت کنید.

شماره کارت :  6037997263131360 بانک ملی به نام محمد علی رودسرابی

11

مطالب مشابه را هم ببینید

فایل مورد نظر خودتان را پیدا نکردید ؟ نگران نباشید . این صفحه را نبندید ! سایت ما حاوی حجم عظیمی از پایان نامه های دانشگاهی است. مطالب مشابه را هم ببینید. برای یافتن فایل مورد نظر کافیست از قسمت جستجو استفاده کنید. یا از منوی بالای سایت رشته مورد نظر خود را انتخاب کنید و همه فایل های رشته خودتان را ببینید