دانلود پایان نامه : بررسی تنوع ژنتیکی شگ¬ماهی خزری-Alosa braschnikowi broodine,1904- در سواحل جنوبی دریای خزر با استفاده از نشانگر ریزماهواره

دانلود متن کامل پایان نامه مقطع کارشناسی ارشد رشته شیلات

گرایش : بوم شناسی آبزیان شیلاتی

عنوان :بررسی تنوع ژنتیکی شگ­ماهی خزریAlosa braschnikowi broodine,1904– در سواحل جنوبی دریای خزر با استفاده از نشانگر ریزماهواره

دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان

دانشکده شیلات و محیط زیست

 

پایان نامه جهت اخذ درجه کارشناسی ارشد در رشته

شیلات، گرایش بوم شناسی آبزیان شیلاتی

 

 

بررسی تنوع ژنتیکی شگ­ماهی خزریAlosa braschnikowi broodine,1904– در سواحل جنوبی دریای خزر با استفاده از نشانگر ریزماهواره

 

 

استاد راهنما:

دکتر علی شعبانی

 

استاد مشاور:

دکتر حامد کلنگی میاندره

 

 

تابستان1393

برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده پایان نامه درج نمی شود

(در فایل دانلودی نام نویسنده موجود است)

تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :

(ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)

چکیده

شگ­ماهی براشنیکووی (Alosa braschnikowi) یکی از گونه­های بومی ماهیان استخوانی حاضر در دریای خزر می­باشد که از فراوانی و پراکنش نسبتا بالایی برخوردار است و در سطوح پایین هرم اکولوژیک قرار­دارد. علی­رغم اهمیت اکولوژیکی بالای شگ­ماهیان، هیچ­گونه اطلاعاتی از ژنتیک جمعیت اعضای جنس Alosa در دریای خزر وجود ندارد. لذا تحقیق حاضر با هدف بررسی تنوع ژنتیکی شگ­ماهی خزری (A. braschnikowi) با استفادهاز شش جفت نشانگر ریزماهواره (AsaD030، AsaD042، AsaC051، AsaC059، AsaD312 و AsaD392) در سواحل جنوبی دریای خزر صورت­پذیرفت. جهت انجام این تحقیق تعداد 140 عدد ماهی از گونه مورد نظر در پنج منطقه انزلی، گمیشان، محمودآباد، میان­کاله و ساری با استفاده از صید پره نمونه برداری شد (هر منطقه 28 عدد) و استخراج DNA با­استفاده از بافت باله دمی صورت گرفت. تمامی جایگاه­های ژنی مورد استفاده در این مطالعه به خوبی حالت پلی مورفیسمینشان دادند. نتایج حاصل از بررسی تنوع ژنتیکی این ماهی نشان داد که میزان متوسط هتروزیگوسیتی مشاهده شده 568/0 بود که مقدار متوسط آن در مناطق انزلی، گمیشان، محمودآباد، میان­کاله و ساری به ترتیب 524/0، 518/0، 637/0، 500/0 و 661/0 به­دست آمد. شاخص غنای آللی برای مناطق مورد بررسی 63/12 به­دست آمد. بررسی تعادل هاردی واینبرگ در جمعیت­ها میزان انحراف بالایی را از تعادل در سطح جایگاه­ها نشان داد و از بین 30 حالت ممکن (شش جایگاه × پنج جمعیت)، 29 حالت از تعادل خارج بودند و انحراف معنی­داری نشان دادند. (05/0P<). میانگین جریان ژنی و ضریب درون آمیزی محاسبه شده بین مناطق به ترتیب 31/9 و 349/0 بود. نتایج حاصل از آنالیز واریانس مولکولی براساس شاخص Fst تنوع ژنتیکی درون مناطق را بالا (96%) و میزان تمایز بین مناطق را نسبتا پایین (4%) نشان داد ولی شاخص Rst توانست تنوع ژنتیکی بالاتری را بین مناطق (40 درصد) نمایش دهد. نتایج به­دست­آمده در این مطالعه نشان­دهنده غنای آللی نسبتاً مناسب این گونه بوده ولی احتمال در تنگنا قرار­گرفتن در آینده به‌خاطر ویژگی گله­ای بودن آن وجود دارد. به­نظر می­رسد احیای زیستگاه­ها و جلوگیری از صید ناخواسته بی­رویه این گونه می­تواند در بالا نگه­داشتن اندازه جمعیت مؤثر آن مفید واقع شود.

 

واژگان کلیدی: آلل،تنوع ژنتیکی، دریای خزر، ژنتیک جمعیت، نشانگر ریزماهواره، Alosa braschnikowi

 

 

فهرست مطالب

عنوان                                                                                                                صفحه

 

1- مقدمه. 2

1-1- کلیات… 2

2-1- رده‌بندی.. 2

3-1- خصوصیات کلیدی.. 3

4-1- پراکنش و تخمریزی.. 3

5-1- زیستگاه 3

6-1- سن و رشد. 3

7-1- غذا 4

8-1- ذخیره 4

9-1- مطالعه فرا جمعیت­ها 5

10-1- تنوع ژنتیکی و کمی کردن آن. 6

11-1- عوامل مؤثر بر تنوع ژنتیکی.. 6

1-11-1- رانش ژنتیکی.. 7

2-11-1- گردنه بطری.. 7

3-11-1- انتخاب طبیعی.. 8

4-11-1- روش تولید مثل.. 8

12-1- انواع نشانگرهای ژنتیکی.. 8

1-12-1- نشانگرهای مورفولوژیکی.. 9

2-12-1- نشانگرهای پروتئینی.. 9

3-12-1- نشانگرهای مولکولی DNA و RNA.. 10

13-1- سنجش فراوانی آللی.. 13

14-1- تغییر فراوانی آللی.. 14

15-1- موازنه هاردی- واینبرگ و دلایل انحراف از آن. 14

فهرست مطالب

عنوان                                                                                                                صفحه

 

16-1- آماره F. 16

17-1- فاصله ژنتیکی (Nei, 1978) 17

18-1- ضرورت تحقیق.. 18

19-1- اهداف… 19

20-1- فرضیه­ها 20

1-2- مروری بر مطالعات انجام شده در داخل کشور. 22

2-2- مروری بر مطالعات انجام شده در خارج از کشور. 24

3- مواد و روش­ها 30

1-3- نمونه‌برداری.. 30

2-3- استخراج DNA.. 31

3-3- نحوه استخراج DNA.. 33

4-3- مراحل استخراج DNA.. 33

5-3- ارزیابی کیفیت و کمیت DNA استخراج شده 34

6-3- ارزیابی کیفیت DNA با استفاده از الکتروفورز افقی ژل آگارز یک درصد. 36

7-3- واکنش زنجیره­ای پلیمراز. 37

1-7-3- انجام واکنش زنجیره­ای پلیمراز (PCR) 37

8-3- بهینه‌سازی PCR.. 38

9-3- الکتروفورز محصول PCR، با استفاده از ژل پلی آکریل آمید 6%. 38

10-3- روش تهیه ژل آکریل آمید. 39

11-3- رنگ آمیزی ژل پلی آکریل آمید با روش نیترات نقره 40

12-3- ثبت تصاویر. 40

13-3- آنالیز آماری.. 41

 

فهرست مطالب

عنوان                                                                                                                صفحه

 

4- نتایج.. 44

1-4- نتایج حاصل از بررسی کیفیت و کمیت DNA استخراجی از شگ­ماهی براشنیکوی در مطالعه حاضر  44

2-4- نتایج حاصل از واکنش زنجیره­ای پلیمراز. 45

3-4- فراوانی و تعداد آلل­ها 47

4-4- تعداد آلل­های واقعی (Na) و مؤثر (Ne) 50

5-4- تنوع ژنتیکی.. 51

6-4- شاخص شانون. 52

7-4- تعادل هاردی- واینبرگ… 53

8-4- نتایج آزمون واریانس مولکولی (AMOVA) 54

9-4- شباهت و فاصله ژنتیکی بر اساس شاخص نئی (Nei Index) 56

5- بحث… 60

1-5- مطالعات تعداد نمونه، روش استخراج DNA و انتخاب نشانگرها 60

2-5- مطالعات تنوع ژنتیکی.. 61

3-5- مطالعات مربوط به تعادل هاردی- واینبرگ… 65

4-5- مطالعات مربوط به تمایز جمعیتی.. 67

5-5- مطالعات مربوط به شباهت و فاصله ژنتیکی.. 68

6-5- نتیجه‌گیری کلی.. 69

7-5- پیشنهادات اجرایی.. 69

8-5- پیشنهادات پژوهشی.. 70

فهرست منابع. 72

 

 


فهرست جدول‌ها

عنوان                                                                                                                 صفحه

 

جدول 1-4- جایگاه‌های ژنی مورد استفاده در این مطالعه و خصوصیات آن­ها 45

جدول 2-4- نتایج حاصل از ظرفیت اطلاعات چند شکلی (PIC) نشانگرهای مورد استفاده در مطالعه حاضر  45

جدول 3-4- تعداد و وزن آلل­های به­دست آمده بر حسب bp در سطح شش جایگاه ژنی مورد استفاده در این مطالعه  48

جدول 4-4- فراوانی آللی مشاهده شده در سطح جایگاه­های ژنی مورد مطالعه در این تحقیق.. 49

جدول 5-4- تعداد آلل­های واقعی (Na) و مؤثر (Ne) در سطح جایگاه­های ژنی مورد بررسی در پنج منطقه پراکنش شگماهی براشنیکووی (A. braschnikowi) 50

جدول 6-4- مقادیر هتروزیگوسیتی مشاهده شده (Ho) و مورد انتظار (He) جمعیت­های مورد مطالعه در ماهی A. braschnikowi در سطح جایگاه­های ژنی مورد بررسی.. 51

جدول 7-4- میانگین مقادیر هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار ±خطای استاندار در مناطق مورد مطالعه از ماهی A. braschnikowi 52

جدول 8-4- مقادیر محاسبه شده شاخص شانون برای مناطق مورد بررسی در ماهی A. braschnikowi در سطح جایگاه­ها 52

جدول 9-4-مقادیر محاسبه شده در بررسی تعادل هاردی- واینبرگ در مناطق مورد بررسی در شش جایگاه ژنی   53

جدول 10-4- آنالیز واریانس مولکولی (AMOVA) تحت معیار Fst 54

جدول 11-4- آنالیز واریانس مولکولی (AMOVA) تحت معیار Rst 54

جدول 12-4- مقادیر Fst محاسبه شده بین مناطق بر اساس آنالیز واریانس مولکولی.. 55

جدول 13-4- مقادیر Rst محاسبه شده بین مناطق بر اساس آنالیز واریانس مولکولی.. 55

جدول 14-4- مقادیر به­دستآمده از ضرایب تمایز (Fst) و درونآمیزی (Fis) در سطح جایگاه‌های ژنی مختلف در مطالعه حاضر  55

 

فهرست جدول‌ها

عنوان                                                                                                                 صفحه

 

جدول 15-4- مقادیـر جریـان ژنـی (Nm) مشـاهده شـده بین مناطـق مورد بررسی در ماهی A. braschnikowi 56

جدول 16-4- ماتریکس فاصله و شباهت ژنتیکی بر اساس شاخص نئی (نئی، 1972) 56

جدول 17-4- خلاصه­ای از نتایج تخصیص جمعیت­ها به خود و دیگر مناطق.. 57


فهرست شکل‌ها

عنوان                                                                                                                 صفحه

شکل 1-3- نقشه مناطق نمونه برداری ماهی A. braschnikowi در سواحل جنوبی دریای خزر در مطالعه حاضر  30

شکل 2-3- تصویر بیوفتومتر مورد استفاده در مطالعه حاضر. 35

شکل 3-3- تصویر دستگاه الکتروفورز افقی.. 37

شکل 4-3- تصویری از دستگاه الکتروفورز عمودی مورد استفاده در مطالعه حاضر. 39

شکل 5-3- تصویری از دستگاه مستند ساز ژل. 41

شکل 1-4- تصویری از ژل آگارز یک درصد و باندهای تشکیل شده از DNA بر روی آن. 44

شکل 2-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF014998 بر روی ژل اکریل آمید  در ماهی A. braschnikowi 46

شکل 3-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF015000 بر روی ژل اکریل آمید در ماهی A. braschnikowi 46

شکل 4-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF014992 بر روی ژل اکریل آمید در ماهی A. braschnikowi 46

شکل 5-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF014993 بر روی ژل اکریل آمید در ماهی A. braschnikowi 46

شکل 6-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF014999 بر روی ژل اکریل آمید در ماهی A. braschnikowi 47

شکل 7-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF015004 بر روی ژل اکریل آمید در ماهی A. braschnikowi 47

شکل 8-4- نمودار گرافیکی جدایی مناطق مورد بررسی در مطالعه حاضر. 57

شکل 9-4- دندروگرام UPGMA نمونه­های جمع­آوری شده شگ­ماهی براشنیکووی از مناطق مختلف بر اساس معیار شباهت ژنتیکی (نئی، 1978) 58


 

مقدمه

1-1- کلیات

دریای خزر باقیمانده دریای تتیس، به عنوان بزرگترین دریاچه جهان تعداد زیادی از گونه­های آبزی را در خود جای داده است و حفظ این گونه­ها به پایداری این اکوسیستم کمک شایانی می­نماید. تنوع ژنتیکی به عنوان یکی از سه سطح تنوع زیستی، به­عنوان پایه­ای و کلیدی­ترین بخش در سلسله مراتب تنوع نقش ایفا می­کند. یکی از خانواده­های مهم ماهیان در دریای خزر، خانوده شگ ماهیان (Clupeidae) است که به فراوانی در سرتاسر دریای خزر پراکنش یافته است (پاتیمار و همکاران، 2013). این خانواده در دریای خزر شامل دو جنس بوده که از جنس­های معروف آن می­توان به جنس Alosa با بیشتر از چهار گونه در آب­های دریای خزر اشاره کرد (عبدلی و نادری، 2008). شگ­ماهی براشنیکووی (Alosa braschnikowi Borodin, 1904) از جمله ماهیان استخوانی حاضر در این دریاست که از تراکم و پراکنش نسبتاً مناسبی برخوردار است و بومی این دریا محسوب می­شود و معمولاً در صیدهای پره به عنوان صید ضمنی مشاهده می­گردد ولی در خارج از فصل صید پره با استفاده از تورهای گوشگیر نیز صید می­شود. شگ­ماهیان بطور عمده پلانکتون‌خوار بوده و نقش مهمی را در هرم اکولوژیک اکوسیستم دریای خزر به عنوان بزرگترین دریاچه جهان بازی می­کند (عبدلی و نادری، 2008).

تعداد صفحه : 103

قیمت : 14000تومان

بلافاصله پس از پرداخت ، لینک دانلود پایان نامه به شما نشان داده می شود

و در ضمن فایل خریداری شده به ایمیل شما ارسال می شود.

پشتیبانی سایت :        09309714541 (فقط پیامک)        info@arshadha.ir

در صورتی که مشکلی با پرداخت آنلاین دارید می توانید مبلغ مورد نظر برای هر فایل را کارت به کارت کرده و فایل درخواستی و اطلاعات واریز را به ایمیل ما ارسال کنید تا فایل را از طریق ایمیل دریافت کنید.

--  -- --

مطالب مشابه را هم ببینید

فایل مورد نظر خودتان را پیدا نکردید ؟ نگران نباشید . این صفحه را نبندید ! سایت ما حاوی حجم عظیمی از پایان نامه های دانشگاهی است. مطالب مشابه را هم ببینید. برای یافتن فایل مورد نظر کافیست از قسمت جستجو استفاده کنید. یا از منوی بالای سایت رشته مورد نظر خود را انتخاب کنید و همه فایل های رشته خودتان را ببینید