دانلود پایان نامه : بررسی تنوع ژنتیکی و احتمال وقوع نوترکیبی در جدایه­های ویروس موزاییک هندوانه با استفاده از نرم‌افزارهای بیوانفورماتیک

دانلود متن کامل پایان نامه مقطع کارشناسی ارشد رشته بیماری شناسی گیاهی

عنوان : بررسی تنوع ژنتیکی و احتمال وقوع نوترکیبی در جدایه­های ویروس موزاییک هندوانه با استفاده از نرم‌افزارهای بیوانفورماتیک

دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان

دانشکده­ تولید گیاهی

 

پایان­ نامه جهت اخذ درجه کارشناسی‌ارشد در رشته

بیماری شناسی گیاهی

 

بررسی تنوع ژنتیکی و احتمال وقوع نوترکیبی در جدایه­های ویروس موزاییک هندوانه با استفاده از نرم‌افزارهای بیوانفورماتیک

 

استاد راهنما:

دکتر سعید نصراله­نژاد

 

اساتید مشاور:

مهندس فروه سادات مصطفوی نیشابوری

مهندس میثم تقی نسب درزی

تابستان 1392

برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده پایان نامه درج نمی شود(در فایل دانلودی نام نویسنده موجود است)تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :(ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)چکیدهویروس موزاییک هندوانه (WMV) یکی از ویروس­های مهم جالیز است که گسترش جهانی دارد و از بسیاری از مناطق دنیا گزارش شده است. به دلیل اهمیت کشت جالیز در استان گلستان و آلودگی گسترده ویروس در این گیاهان شناخت دقیق وضعیت ویروس در منطقه مهم می­باشد. یه منظور شناسایی این ویروس، 100 نمونه از گیاهان هندوانه، خربزه، کدو و خیار با علایم مشکوک به بیماری از مزارع استان گلستان جمع‌آوری و با آنتی سرم اختصاصی WMV در آزمون الایزای غیر مستقیم مورد بررسی قرار گرفت. از گیاهان آلوده، RNA ویروس با استفاده از کیت (Roche) mRNA capture استخراج و cDNA تهیه گردید. جهت تکثیر ناحیه پروتئین پوششی ویروس از آغازگرهای اختصاصی در واکنش RT-PCR استفاده گردید. محصول PCR به طور مستقیم ترادف یابی شد و ترادف به دست آمده شامل 964 نوکلئوتید همراه با 31 ترادف انتخاب شده از GenBank مقایسه شدند. همردیف­سازی­های چندگانه و آنالیزهای فیلوژنتیک و تعیین نسبت جانشینی نامترادف (dN) به جانشینی مترادف (dS) با نرم‌افزارهای DNASTAR، DNAMAN، Clustal X وMEGA5  انجام و درخت فیلوژنتیک به روش neighbor-joining ترسیم گردید. برای آنالیز نوترکیبی بین جدایه­ها از نرم افزار RDP3 با استفاده از متد BootScan استفاده شد. در این بررسی تعداد 18 نمونه در واکنش الایزای مثبت و بقیه منفی بودند. نتایج بدست آمده از درخت فیلوژنتیکی این جدایه­ها را در 4 گروه قرار داد که همه جدایه­های استان گلستان در یک گروه و در کنار جدایه­هایی از اصفهان، شیروان، مشهد، کرمان، یزد و تعدای از کشورهای اروپایی قرار گرفتند و بیشترین شباهت را به جدایه­ای از اصفهان داشت و در میان سایر کشورها به جدایه ترکیه (6/96%) در سطح نوکلئوتیدی شبیه تر بود و در سطح آمینواسیدی بیشترین درصد تشابه را با جدایه اسپانیا (3/97%) داشت. محاسبه تنوع ژنتیکی (π) نشان داد که برای تمامی گروه­ها این میزان 061/0 می باشد. نسبت dN/dS در گروه­های فیلوژنتیک کمتر از 1 بدست آمد که نشان دهنده­ی نقش موثر انتخاب منفی در تنوع و تکامل این ویروس می­باشد. همچنین نتایج نشان داد که در میان جدایه­های ایرانی تنها یک مورد نوترکیبی وجود دارد که مربوط به جدایه یزد بوده که در ناحیه ابتدای ژن پرتئین پوششی خود ترکیبی از ترادف نوکلئوتیدی جدایه اصفهان را دارا می­باشد. اما در بین جدایه­های سایر کشورها اکثر موارد نوترکیبی در ناحیه CP ژنوم ویروس مشاهده می­شود. با این وجود می­­توان با انجام آنالیزهای اجدادی بررسی کرد که جد اصلی این ویروس مربوط به کدام منطقه جغرافیایی است و به ترادف نوکلئوتیدی کدام کشور نزدیکتر است. کلمات کلیدی: ویروس موزاییک هندوانه، تنوع ژنتیکی، نوترکیبی، الایزای غیر مستقیم، RT-PCRفهرست مطالبعنوان                                                                                                                صفحه فصل اول: مقدمه1-1- گیاهشناسی محصولات جالیزی.. 21-2- اهمیت محصولات جالیزی.. 31-3- سطح زیر کشت.. 41-4- بیماری‌های ویروسی جالیز. 4 فصل دوم: بررسی منابع2-1- ویژگی­های گروه پوتی­ویروس.................................................................................................. 82-2- ویروس موزاییک هندوانه.......................................................................................................... 92-2-1- دامنه­ی میزبان..................................................................................................................... 102-2-2- اپیدمولوژی ویروس............................................................................................................ 112-2-3- نشانه­های بیماری ویروس موزاییک هندوانه........................................................................ 122-3- تمایز سرولوژیکی جدایه­های ویروس....................................................................................... 132-4- نوترکیبی و تنوع ژنتیکی ویروس­های گیاهی............................................................................ 142-5- تنوع ژنتیکی ویروس موزائیک هندوانه. 162-6- بررسی­های صورت گرفته در مورد ویروس موزاییک هندوانه در دنیا.......................................... 172-6-1- ویروس موزاییک هندوانه درایران........................................................................................ 172-6-2- ویروس موزاییک هندوانه در خارج از کشور...................................................................... 22 فصل سوم: مواد و روش­ها3-1- زمان و مکان تحقیق................................................................................................................. 343-2- جمع آوری نمونه­ها و داد­ه...................................................................................................... 343-3- آزمون الایزا............................................................................................................................. 35 فهرست مطالبعنوان                                                                                                                صفحه 3-3-1- آزمون الیزای غیر مستقیم....................................................................................................... 353-4- آزمون PCR. 363-4-1- استخراج RNA و ساخت cDNA.. 363-4-2- مرحله PCR. 373-4-2-1- آغازگرهای اختصاصی.. 383-5- روش تهیه­ی ژل و انجام الکتروفورز برای بررسی نتایج آزمون PCR........................................ 393-6- ترادف‌یابی محصول PCR. 403-7- تجزیه و تحلیل داده­ها 40 فصل چهارم: نتایج4-1- نتایج آزمون الایزا 424-2- نتایج آزمون RT-PCR. 434-3- تنوع ژنتیکی بین جدایه­های WMV.......................................................................................... 464-4- نوترکیبی بین جدایه­هایWMV................................................................................................ 474-5- مقایسه شباهت­ها و تفاوت­های ناحیه CP جدایه­های WMV در سطح نوکلئوتیدی و آمینواسیدی 526- موتیف­های موجود در جدایه WMV ........................................................................................... 55 فصل پنجم: بحثبحث.................................................................................................................................................. 57پیشنهادات اجرایی و پژوهشی................................................................................................................ 62 منابع................................................................................................................................................... 63   فهرست جدول‌هاعنوان                                                                                                                 صفحهجدول 1-1- برآورد سطح، تولید و عملکرد در هکتار محصولات زراعی استان گلستان........................ 4جدول 3-1- تعداد نمونه و مزارع نمونه برداری شده در استان گلستان............................................... 35جدول 3-2- مواد لازم در واکنش PCR............................................................................................. 38جدول 3-3- شرایط و سیکل‌های حرارتی برنامه ریزی شده برای انجام PCR .................................... 38جدول 3-4- دو جفت آغازگر اختصاصی WMV از ناحیه CP-UTR ................................................ 39جدول 4-1- تنوع ژنتیکی و نسبت جانشینی آمینواسیدی در جدایه­های مختلف WMV در جمعیت­ها و گروه‌های فیلوژنتیک   47   فهرست شکل‌هاعنوان                                                                                                                 صفحه شکل 4-1- علایم بیماری ویروسی WMV روی برگ و میوه هندوانه................................................. 42شکل 4-2- نتایج آزمون PCR در ژل آگارز...................................................................................... 43شکل 4-3- درخت فیلوژنتیکی ترسیم شده به روش neighbor joinig.............................................. 45شکل 4-4- گراف نوترکیبی ترسیم شده با استفاده از نرم‌افزار RDP3 در جدایه یزد که قطعه نوترکیب از   جدایه اصفهان است 48شکل 4-5- گراف نوترکیبی ترسیم شده با استفاده از نرم‌افزار RDP3 در جدایه چین که قطعه نوترکیب از جدایه شیلی است     49شکل 4-6- گراف نوترکیبی ترسیم شده با استفاده از نرم‌افزار RDP3 در جدایه ژاپن که قطعه نوترکیب یکی   از جدایه­های فرانسه است  50شکل 4-7- گراف نوترکیبی ترسیم شده با استفاده از نرم‌افزار RDP3 در جدایه فرانسه که قطعه نوترکیب یکی دیگر از جدایه­های فرانسه است        51شکل 4-8- درصد شباهت و تفاوت جدایه WMV گلستان با سایر جدایه­های این ویروس در دنیا بر اساس هم­ردیف سازی ترادف­های نوکلئوتیدی ژن CP    53شکل 4-9- درصد شباهت و تفاوت جدایه WMV گلستان با سایر جدایه­های این ویروس در دنیا بر اساس   هم ردیف سازی ترادف­های آمینواسیدی ژن CP  54-1- گیاهشناسی محصولات جالیزی (کدو، خیار، خربزه، هندوانه)به طورکلی سیستم ریشه‌ای گیاهان صیفی زراعی، گسترده اما کم عمق است و بیشتر ریشه­ها در یک متری فوقانی خاک قرار دارد. ساقه اصلی از محور گیاهچه رشد می­کند و ممکن است شاخههای جانبی کم یا زیاد (8 یا بیشتر) داشته باشد که از گره‌های نزدیک قاعده ساقه بیرون می­آیند. در هیچ یک از گیاهان صیفی عوامل خود ناسازگاری شناخته شده وجود ندارد (امیر اصلانی، 1384).تیره کدوئیان شامل 100 جنس و حدود 1000 گونه است. برگ­های این گیاهان، ساده، متناوب، دارای دمبرگ دراز و پهنک کامل یا لوب­دار و در هرحال فاقد استیپول است. گل­های آنها منظم، یکپایه، مرکب از قطعات 5 تایی، منفرد یا مجتمع به صورت گرزن است (بیتس و همکاران، 1990). نباتات خانواده کدوئیان تمام خزنده و ساکن نواحی گرم و بنابراین حساس به سرما می‌باشند. هرچند که قسمت مورد استفاده گیاهان خانواده کدوئیان میوه آن می‌باشد معهذا این گیاهان را جزو سبزی­ها قرار داده‌اند (شیبانی، 1364).در جنس Cucumis دو نوع گیاه قرار می­گیرد یکی انواع خربزه و طالبی (C.melo) و دیگری خیار (C.sativus). در جنس Cucumis مانند سایر افراد خانواده کدوئیان بوته‌ها بیشتر یک پایه هستند ولی گاهی گیاه دوپایه و ندرتاً گل دوجنسی در بوته‌های خربزه و خیار دیده می‌شود. از نظر گیاهشناسی بوته خربزه و خیار بسیار شبیه به یکدیگر می‌باشند یعنی در هر دو گیاه برگ­ها گرد قلبی شکل بوده و دارای رنگ سبز روشن می‌باشد ولی رشد بوته خربزه خیلی زیادتر از رشد بوته خیار است، گل­های نر و ماده از هم جدا و در بغل برگ­ها قرار دارند (شیبانی، 1346).بوته هندوانه  (citrullus lanatus)گیاهی است یکساله از خانواده کدوئیان که دارای شاخه‌های خزنده می‌باشد. برگ بوته هندوانه تقریباً قلبی شکل و دارای بریدگی­های عمیق است و اغلب این بریدگی اصلی دارای بریدگی­های فرعی یا ثانوی می­باشد. گل­های نر و ماده همیشه از هم جدا هستند ولی روی یک پایه قرار دارند (شیبانی، 1346).انواع کدوها از جنس Cucurbita و از خانواده Cucurbitaceae می‌باشند. این گیاهان مانند سایر جنس­های این خانواده یک پایه و گرمسیری و اغلب یکساله هستند و انواع کدوهای اهلی که میوه آنها مورد استفاده انسان قرار می‌گیرد از سه گونه مشخص مشتق می‌شـوند که عبارتنـد از: 1- Cucurbita pepo. 2- Cucurbita moschata. 3- Cucurbita maxima. انواع کدوهای ایران نیز که به سه دسته تقسیم می‌شوند از سه جنس نامبرده هستند به این ترتیب که کدوی مسمایی از نوع   C. pepo و کدوی حلوایی یا رشتی از نوع C. moschata و کدوتنبل از نوع C. maxima هستند (شیبانی، 1346). 1-2- اهمیت محصولات جالیزیصیفی‌جات گروه بسیار متنوعی از گونه­های گیاهی را تشکیل می­دهند که در سراسر جهان در شرایط مختلف و با هدف‌های گوناگون پرورش داده می­شوند. انواع زراعی مهم شامل خیار، خربزه (گرمک، خربزه قندک و غیره)، هندوانه و کدو هستند. انواع زراعی کم­اهمیت­تر شامل کایوت[1]، سیترون[2] (بادرنگ)، خیارترشی، کدوقلیانی، خیارشاخی[3] و خیار وحشی است. تمام صیفی‌جات به سرما حساس‌اند، اما از لحاظ توانایی تحمل سرما و گرما متفاوتند. در زمین­های پست و کوه­ها، مزارع و گلخانه‌ها، مناطق گرمسیر، بیابانی و معتدل می‌رویند. بیشتر آنها رونده هستند اما برخی ارقام زراعی جدید کدو و خیار گیاهان فشرده بوته مانند تولید می‌کنند. میوه نارس یا رسیده صیفی‌جات به شکل تازه یا پخته مصرف می‌شوند. میوه­های صیفی‌جات ارزش غذایی نسبتاً اندکی دارند؛ مهمترین اجزای تشکیل دهنده آنها ویتامین­ها و مواد معدنی هستند. میوه­های گیاهان صیفی معمولاً بدون چربی­اند و سدیم اندک دارند. به استثنای میوه کدو حلوایی، سایر میوه‌های صیفی آب فراوان و ارزش کالری پایین دارند. خربزه، هندوانه و کدوی حلوایی منابع خوب ویتامین A هستند. خربزه و کدو مسمایی زرد منابع خوب ویتامین C هستند. Cucurbitacin‌ها که بیش از 20 شکل دارند، در ریشه‌ها، برگ­ها و میوه‌های گیاهان صیفی یافت می‌شوند. این ترکیبات بسیار سمی‌اند و به خیار، خربزه و کدو طعم تند می‌دهند. این ترکیبات در حفاظت از صیفی‌جات در برابر حشرات و علفخوارها، اهمیت زیادی دارند (امیر اصلانی، 1384).تعداد صفحه : 96قیمت : 14000تومان

بلافاصله پس از پرداخت ، لینک دانلود پایان نامه به شما نشان داده می شود

و در ضمن فایل خریداری شده به ایمیل شما ارسال می شود.

پشتیبانی سایت :        09309714541 (فقط پیامک)        info@arshadha.ir

در صورتی که مشکلی با پرداخت آنلاین دارید می توانید مبلغ مورد نظر برای هر فایل را کارت به کارت کرده و فایل درخواستی و اطلاعات واریز را به ایمیل ما ارسال کنید تا فایل را از طریق ایمیل دریافت کنید.

--  -- --

مطالب مشابه را هم ببینید

فایل مورد نظر خودتان را پیدا نکردید ؟ نگران نباشید . این صفحه را نبندید ! سایت ما حاوی حجم عظیمی از پایان نامه های دانشگاهی است. مطالب مشابه را هم ببینید. برای یافتن فایل مورد نظر کافیست از قسمت جستجو استفاده کنید. یا از منوی بالای سایت رشته مورد نظر خود را انتخاب کنید و همه فایل های رشته خودتان را ببینید