دانلود پایان نامه : مطالعه ژنتیکی و نقشه یابی ژن رنگ پایه ساقه با استفاده از نشانگرهای مولکولی ریزماهواره (SSR) در برنج

دانلود متن کامل پایان نامه مقطع کارشناسی ارشد رشته مهندسی کشاورزی

گرایش :بیوتکنولوژی

عنوان : مطالعه ژنتیکی و نقشه یابی ژن رنگ پایه ساقه با استفاده از نشانگرهای مولکولی ریزماهواره (SSR) در برنج

دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری

دانشکده علوم زراعی

گروه زراعت و اصلاح نباتات

پایان نامه دوره کارشناسی ارشد در رشته مهندسی کشاورزی گرایش بیوتکنولوژی

 

موضوع:

مطالعه ژنتیکی و نقشه یابی ژن رنگ پایه ساقه با استفاده از نشانگرهای مولکولی ریزماهواره (SSR) در برنج

 

اساتید راهنما:                   

دکتر غلامعلی رنجبر

دکتر قربانعلی نعمت زاده

 

استاد مشاور:

دکتر غفار کیانی

 

شهریور 1389

برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده پایان نامه درج نمی شود(در فایل دانلودی نام نویسنده موجود است)تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :(ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)چکیده: وجود رنگدانه­های آنتوسیانین در برنج عامل اصلی تولید پایه ساقه ارغوانی رنگ محـسوب می­شود. رنگ پایه ساقه در برنج رابطه مستقیم و قوی با تشکیل دانه­های رنگی در برنج دارد که در زیر پوسته آنها به دلیل تراکم متفاوت رنگیزه­های آنتوسیانین در لایه­های مختلف پریکارپ، پوشش دانه و آلورون، رنگ­های سرخ، ارغوانی و سیاه مشاهده می­شود. بمنظور درک درست از مسیر بیوسنتزی آنتوسیانین که اطلاعات مفیدی را در زمینه بیولوژی مولکولی و ژنتیک برنج به همراه خواهد داشت، الگوی تفرق ژن رنگ پایه ساقه با استفاده از تعداد 123 تک بوته از جمعیتF2  حاصل از تلاقی 18-33 - DN و ندا مورد مطالعه قرار گرفت.  ارزیابی تک بوته­های  F2 بر اساس رنگ پایه ساقه نشان داد تعداد 83 بوته رنگی (ارغوانی) و تعداد 40 بوته بی­رنگ تولید شده نسبت تفرق 1 :075/2 را ایجاد می­نماید. آماره c2 این نسبت تفرق برابر 48/3 بود که از نسبت تفکیک  3:1 اختلاف معنی داری را نشان نداد (95/0p < ). در نتیجه ثابت شد که صفت مورد نظر از سیستم کنترل تک ژنی تبعیت می­نماید. مطالعات انجام شده با استفاده از 59 نشانگر مولکولی میکروساتلیت میزان 28 درصد چند شکلی بین والدین را نشان داد و آنالیز پیوستگی روی تک بوته­های مغلوب جمعیت F2 از تلاقی ندا × 18-33 -   DNثابت کرد که ژن رنگ پایه ساقه بر روی بازوی کوتاه کروموزوم شماره 6 برنج با نشانگرRM253 که در فاصله 15 سانتی مورگان از ژن قرار دارد همبسته می باشد. واژه­های کلیدی: برنج، رنگ ساقه، نشانگر­های SSR.  فهرست مطالبعنوان                                                                                                                                                             صفحه فصل اولمقدمه1-1- تولیدکنندگان برنج.. 21-2- کشت برنج در ایران.. 21-3- متابولیت­های ثانویه درگیاهان.. 31-4- تهیه نقشه­های ژنتیک... 4 فصل دومکلیات و مرورمنابع2-1- مشخصات گیاهشناسی برنج.. 72-2- وضعیت ژنتیکی برنج.. 72-3- مهندسی تولید متابولیت­های ثانویه درگیاهان.. 82-4- ژن­های مسئول بیوسنتز فلاوونوئیدها و آنتوسیانین­ها 92-5- برنج رنگی.. 112-6- نشانگرها در برنامه­های اصلاحی.. 122-6-1- تعریف نشانگر. 122-6-2- انواع نشانگرها 132-6-2-1- نشانگرهای موفولوژیکی.. 132-6-2-2- نشانگرهای سیتوژنتیکی.. 132-6-2-3- نشانگرهای بیوشیمیایی.. 142-6-2-4- نشانگرهای مولکولی.. 142-6-2-4-1- نشانگرهای مولکولی مبتنی بر DNA 152-6-2-4-1-1- نشانگر­های مولکولی مبتنی بر هیبریداسیون.. 152-6-2-4-1-2- نشانگر­های مولکولی مبتنی بر واکنش زنجیره­ای پلیمراز 162-6-2-4-1-3- نشانگرهای مولکولی مبتنی بر PCR و هیبریداسیون.. 162-6-2-4-1-4- نشانگرهای مبتنی بر توالی­یابی (SNPها) و تراشه DNA.. 172-7- کاربرد نشانگرهای مولکولی.. 172-8- انتخاب میان انواع مختلف نشانگرها 192-9- کاربرد نشانگرهای مولکولی در برنج.. 192-10- انتخاب به کمک نشانگرها 212-11- استفاده از نشانگرهای مولکولی درتهیه نقشه ژنتیکی.. 212- 12- ریزماهواره 222-12-1- تشخیص آلل­های ریزماهواره 242-12-2- مزایای نشانگرهای ریزماهواره 242-12-3- مشکلات کار با ریزماهواره 252-12-3-1- اشتباهات آلل خوانی.. 252-12-3-2- آلل­های صفر. 26         2-12-3-3- اندازه نمونه مورد نیاز 262-12-4- ریزماهواره­ها درگیاهان و برنج.. 272-12-5- کاربردهای ریزماهواره 282-13- نقشه­های پیوستگی ژنتیکی.. 282-14- ویژگی­های نقشه. 292-15- سابقه نقشه یابی صفت رنگ دربرنج.. 302-15-1- ارتباط بین رنگ پریکارپ وصفت گلوتیوز 332-15-2- توارث رنگ نوک دانه و ارتباط آن با صفات دیگر. 332-15-3- روابط بین رنگ کلاله با صفات دیگر. 342-15-4- ارتباطات بین رنگ پوشبرگ و صفات دیگر. 342-15-5- ارتباط بین رنگ کلاله و رنگ پوشبرگ... 352-15-6- ارتباط بین رنگ زبانک با صفات دیگر. 352-15-7- ارتباطات بین رنگ زبانک و رنگ پریکارپ.. 352-15-8- نشاندار کردن ژن­های مهم اقتصادی و انتخاب به کمک نشانگر (همراه) 362-15-9- مطالعه ژنتیکی و نشاندارکردن ژن صفت رنگ در برنج.. 37فصل سوممواد و روشها3-1- مواد گیاهی.. 413-1-1- رقم 18-33DN- 413-1- 2- رقم ندا 423-2- کشت والدین و جمعیت F2 433-3- تهیه نمونه برگی.. 433-4- ارزیابی صفت... 443-5- استخراج DNA 443-5-1- روش استخراج DNA.. 453-6- بررسی کمیت و کیفیت DNA استخراج شده 493-6-1- ازطریق اسپکتروفتومتر. 493-6-2- به وسیله الکتروفورز ژل آگارز 493-7- بارگذاری نمونه­ها و اجرای الکتروفورز 503-8- آماده سازی آغازگرهای ریزماهواره 513-9- انجام واکنش PCR.. 533-10- تجزیه وتحلیل داده ها 54 فصل چهارمنتایج و بحث4-1- ارزیابی فنوتیپی.. 574-2- ارزیابی مولکولی.. 584-2-1- غربال والدین.. 584-2-2- تحلیل لینکاژ 604-3- ارزیابی نشانگر RM253 در ارقام دیگر برنج.. 64 فصل پنجمپیشنهادات.. 68 منابع   70 ضمائملیست پرایمرهای بکار رفته در پژوهش.... 79تهیه محلول­های مادری.. 81ماتریس داده­های مولکولی و فنوتیپی.. 83 چکیده انگلیسی فهرست شکل­هاعنوان                                                                                                                                       صفحهشکل 3-1. لاین 18-13-DN.. 41شکل 3-2. والد 18-13-DN با پایه ساقه سبز رنگ.... 42شکل 3-3. لاین ندا 42شکل 3-4. والد ندا با پایه ساقه ارغوانی رنگ.... 43شکل3-5. عملیات نمونه برداری از نمونه­های برگی برنج دو هفته پس از نشاء. 44شکل 3-6. پودر کردن نمونه­های برگی با استفاده از ازت مایع.. 46شکل 3-7. سانتریفیوژ کردن نمونه­ها 47شکل 3-8. تشکیل سه فاز مشخص پس از افزودن کلروفرم و جدا نمودن فاز رویی.. 47شکل 3-9. تشکیل کلاف DNA پس از مصرف ایزوپروپانول.. 48شکل 3-10. افزودن TE به رسوب DNA و نگهداری آنها در فریزر 20-. 48شکل 3-11 . بارگذاری نمونه ها در ژل آگارز. 51شکل3-12 . نمونه هایی ازDNA ژنومی که به روشCTAB استخراج شده است. 52شکل3-13. عملیات انجام PCR 54شکل 4-1. الگوی نواربندی بین والدین مورد مطالعه با تعدادی از نشانگرهایSSR مورد مطالعه. 60شکل 4-2. الگوی نوار بندی بین والدین مورد مطالعه با تعدادی از نشانگرهای SSR مورد مطالعه. 60شکل 4-3. الگوی نواربندی بین والدین مورد مطالعه در 10 گیاه دارای پایه ساقه سبز با استفاده از نشانگرRM1358. 61شکل4-4. الگوی نواربندی بیـن والدین مورد مطالعـه در گیاهان دارای پایـه ساقه سـبز و ارغوانـی بـا استفاده ازنشانگر RM443. 62شکل 4-5. الگوی نواربندی بین والدین مورد مطالعه با 10 گیاه با پایه ساقه سبز با استفاده از نشانگر RM253. 62شکل4-6. نحوه تعیین ژنوتیپ تعدادی از محصولات واکنـش زنجیره­ای پلیمراز نشـانگر RM253 در جمعیـتی از بوته­های F2 بر روی ژل آگارز  63شکل 4-7 .آنالیز ارقام دارای پایه­های ارغوانی و سبز با پرایمر RM253. 65شکل 4-8. نقشه ژنتیکی نشانگر RM253 روی بازوی کوتاه کروموزوم 6.. 66فهرست جداولعنوان                                                                                                                                        صفحهجدول2-1. لیست ژن­های نشاندار شده توسط مارکرهای مولکولی در برنج.. 38جدول3-1. درجه حرارت و زمان بهینه شده در مراحل مختلف واکنش PCR.. 54جدول3-2. مقادیر بهینه شده مواد واکنش زنجیره ای پلیمراز. 55جدول 4-1. آماره محاسباتی c2 با درجه آزادی 1 برای صفت رنگ پایه ساقه در جمعیت F2. 57جدول 4-2. نشانگرهای پلی­مورف به کار رفته در این تحقیق.. 59جدول 4-3. آزمـون2c بـرای مقایـسـه فـراوانی­های ژنوتیپی نشـانگر RM253 با فراوانی­های مورد انتظار 1:2:1 در جمعـیت  F2  63

1-1- تولید کنندگان برنج

برنج پس از گندم دومین غله مهم در دنیا به حسـاب می­آید و به عنوان یکی از مهمترین محصولات استراتژیک جهان از اهمیت و جایگاه ویژه­ای برخوردار است، نزدیک به 90 درصد سطح زیر کشت و تولید برنج متعلق به کشورهای خاور دور می­باشد. بیش از نصف محصول برنج دنیا در دو کشور هند و چین تولید می­شود. به طور کلی، کشورهای گرمسیری و نیمه گرمسیری برمه، تایلند، ویتنام، لائوس، اندونزی، فیلیپین، پاکستان، هند، آمریکا، ژاپن، ایتالیا، مصر، چین، برزیل، کوبا، مکزیک و استرالیا از تولیدکنندگان عمده برنج به شمار می­آیند. میزان تولید برنج در تایلند، برمه، ویتنام و لائوس بیش از مصرف داخلی آنهاست و بنابراین نزدیک به 90 درصد برنج موجود در بازارهای دنیا متعلق به این 4 کشور می­باشد (53).

1-2- کشت برنج در ایران

کشت برنج در ایران در نواحی شمالی و در نواحی جنوبی به ویژه خوزستان تاریخچه طولانی دارد. شواهد نشان می­دهد که این محصول در این ناحیه، قرنها پیش از میلاد مسیح و در زمان هخامنشیان رواج داشته است. در ایران اسلامی نیز علی رغم دستاوردهای خوب تحقیقاتی و قریب به 600 هکتار زیر کشت برنج، متاسفانه به دلیل استفاده ناصحیح و توسعه محدود ارقام اصلاح شده و با توجه به رشد روز افزون جمعیت ایران، تولید داخلی برنج پاسخگوی نیاز مردم نیست و مقادیر قابل توجهی از خارج وارد می­شود. افزایش تولید به دو روش افزیش سطح زیر کشـت و افزایش در واحد سطـح امـکان­پذیر می­باشد. بدلیل محدود بودن زمین­های زراعی و نیز کمبود شدید آب، بدون تردید باید تولید را در واحد سطح با استفاده از روش­های به­زراعی و به­نژادی افزایش داد. دستیابی به خودکفایی در تولید برنج و حفظ ثبات قیمت آن، از جمله اهداف مهم در کشورهای کم درآمدی است که برنج بعنوان تنها غذای اصلی، اساس تأمین نیازهای غذایی بوده و برای مردم فقیر و آسیب پذیر این کشورها شغل و درآمد ایجاد می­نماید(53).تعداد صفحه : 100قیمت : 14000تومان

بلافاصله پس از پرداخت ، لینک دانلود پایان نامه به شما نشان داده می شود

و در ضمن فایل خریداری شده به ایمیل شما ارسال می شود.

پشتیبانی سایت :        09309714541 (فقط پیامک)        info@arshadha.ir

در صورتی که مشکلی با پرداخت آنلاین دارید می توانید مبلغ مورد نظر برای هر فایل را کارت به کارت کرده و فایل درخواستی و اطلاعات واریز را به ایمیل ما ارسال کنید تا فایل را از طریق ایمیل دریافت کنید.

--  -- --

مطالب مشابه را هم ببینید

فایل مورد نظر خودتان را پیدا نکردید ؟ نگران نباشید . این صفحه را نبندید ! سایت ما حاوی حجم عظیمی از پایان نامه های دانشگاهی است. مطالب مشابه را هم ببینید. برای یافتن فایل مورد نظر کافیست از قسمت جستجو استفاده کنید. یا از منوی بالای سایت رشته مورد نظر خود را انتخاب کنید و همه فایل های رشته خودتان را ببینید