دانلود پایان نامه: ژنوتایپینگ سویه های سالمونلا انتریکا سرووار انتریتیدیس جدا شده از نمونه های بالینی از تهران بر پایه ی روش Multilocus vriable VNTR Analysis( MLVA)

متن کامل پایان نامه مقطع کارشناسی ارشد رشته :زیست شناسی

گرایش :میکروبیولوژی

عنوان :  ژنوتایپینگ سویه های سالمونلا انتریکا سرووار انتریتیدیس جدا شده از نمونه های بالینی از تهران بر پایه ی روش Multilocus vriable VNTR Analysis( MLVA)

دانشگاه آزاد اسلامی

واحد رشت

پایان نامه کارشناسی ارشد

با گرایش : میکروبیولوژی

  

موضوع:

 ژنوتایپینگ سویه های سالمونلا انتریکا سرووار انتریتیدیس جدا شده از نمونه های بالینی از تهران بر پایه ی روش Multilocus vriable VNTR Analysis( MLVA)

 

استاد راهنما:

 دکتر رضا رنجبر

سال تحصیلی : 1393

برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده پایان نامه درج نمی شود(در فایل دانلودی نام نویسنده موجود است)تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :(ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)فهرست مطالبعنوان                                                                                    صفحه چکیده فارسی                                                                                          1فصل اول :کلیات تحقیق                                                                              2
  • بیان مسئله 3
1-2- کلیات                                                                                         51-2-1، تاریخچه                                                                                     51-2-2، باکتریولوژی سالمونلا                                                                      61-2-3، تست ها و خواص بیوشیمیایی                                                            61-2-4، طبقه بندی سالمونلا                                                                        71-2-5، آنتی ژن های سالمونلا                                                                     91-2-6، عوامل دخیل در بیماریزایی در سالمونلا                                                  121-2-7. بیماری های ناشی از سالمونلا                                                             131-2-8. اپیدمیولوژی سالمونلا                                                                       161-2-9، تشخیص آزمایشگاهی سالمونلا                                                           161-2-10. پیشگیری و کنترل                                                                        191-2-11، ایمنی                                                                                                191-2-12، درمان                                                                                                191-3 – مروری بر روش های تایپینگ باکتری ها                                                  201-3-1- اصول و مبانی روش MLVA                                                                    221-2-3- کلمات و اصطلاحات کاربردی در MLVA                                           241-3-3- مزایای MLVA نسبت به سایر روش های ژنوتایپنگ                                261-4- اهداف پایان نامه                                                                              311-4-1- هدف علمی پایان نامه                                                                     311-4-2- اهداف جزئی                                                                               311-4-3- اهداف کاربردی                                                                                     311-5- فرضیه ها                                                                                       311-6- سئوالات                                                                                        311-7- ضرورت انجام تحقیق                                                                        321-8- جنبه جدید بودن و نوآوری تحقیق                                                          321-9- واژه نامه ها و اصطلاحات فنی                                                              32فصل دوم مروری بر ادبیات تحقیق و پیشینه تحقیق                                                         34بررسی متون:                                                                                           35فصل سوم :مواد وروشها                                                                              393-1-مواد و تجهیزات                                                                                403-1-1-دستگاه ها ووسایل مورد نیاز:                                                              403-1-2-مواد مصرفی مورد نیاز:                                                                     413-1-3- محیطهای کشت مورد استفاده:                                                            413-2-ترکیبات و محلولهای مورد نیاز و فرمول ساخت آنها                                                423-2-1-تهیه محلول(%25) SDS:                                                                 423-2-2- محلول  EDTA(5/0 مولار):                                                           423-2-3-تامپون لیز کننده سلول                                                                      423-2-4- تامپون TE حاوی RNase                                                             423-2-5- بافر(5X)TBE:                                                                          423-2-7- محلول فنل-کلروفروم-ایزو آمیلیک الکل(PCI):                                                433-3- روش انجام طرح:                                                                             443-3-1- نوع مطالعه:                                                                                 443-3-2-جامعه مورد مطالعه:                                                                         443-3-3- جمع آوری اطلاعات:                                                                     443-3-4- انجام امور باکتریولوژیک:                                                                443-4- ژنوتایپینگ ایزوله های سالمونلا با استفاده از روش MLVA                                     463-4-1- انجام آزمایش PCR جهت تکثیر لوکوس های VNTR                                      463-4-2- الکتروفورز محصولات VNTR                                                                  503-4-3- محاسبه ی اندازه و تعداد تکرار های VNTR                                         523-4-4-تجزیه و تحلیل داده های VNTR                                                       52فصل چهارم یافته ها                                                                                  544-1- نمتایج حاصل از جمع آوری نمونه ها                                                       554-2- نتایچ حاصل از استخراج ژنوم باکتریایی                                                    574-3- نتایج حاصل از واکنش PCR جهت تکثیر لوکوس های VNTR                      584-4- میزان تنوع الل های VNTR                                                                744-5- آنالیز داده ها با استفاده از الگوریتم Minimum Spanning Tree                           744-6- آنالیز داده های VNTR با استفاده از روش NJ                                          75فصل پنجم :بحث ونتیجه گیری                                                                      775-1- بحث                                                                                           785-2- نتیجه گیری و جمع بندی                                                                     91منابع:                                                                                                    92چکیده انگلسی                                                                                        96 فهرست جداول و نمودارها عنوان                                                                                     صفحه جدول1-1، ویژگی های بیو شیمیایی سالمونلا                                                     8جدول 1-2، طبقه بندی نوین سالمونلا و میزان سروتایپ ها در زیر گونه ها                            9جدول 3-1، نام لوکوس ها و پرایمر های اختصاصی                                             47جدول 3-2،مقادیرموردنیازجهت انجام واکنش هایPCRبرای تکثیرلوکوس­هایVNTR    48جدول 3-3، برنامه ریزی دستگاه ترموسایکلر جهت تکثیر لوکوس های SENTR2،SENTR3 و SE-7                                                                               49جدول3-4،برنامه ریزی دستگاه­ترموسایکلرجهت تکثیرلوکوس­هایENTR6وSE-8                  49جدول 3-5، برنامه ریزی دستگاه ترموسایکلر برای تکثیر لوکوس SE-4                       49جدول 3-6،  برنامه ریزی دستگاه ترموسایکلر جهت تکثیر لوکوس SE-10                            50جدول 3-7، برنامه ریزی دستگاه ترموسایکلر جهت تکثیر لوکوس  SE-6                    50جدول 4-1، در فایل EXCEL                                                                    73جدول 4-2، ضریب تنوع هانتر- گاتسون برای هر لوکوس محاسبه شده                        74نمودار 4-1، میزان فراوانی هر یک از سرو تایپ های سالمونلا در پژوهش حاضر            56نمودار 4-2، میزان شیوع هر یک از سرو تایپ های سالمونلا در پژوهش حاضر              56فهرست اشکال عنوان                                                                                    صفحه شکل 1-1 تصویر دکتر سالمون دامپزشک آمریکایی.                                              5شکل1-2 باکتری سالمونلا                                                                           6شکل 1-4مای شماتیک از VNTR ها                                                            23شکل 1-5 پروفایل اللی                                                                                       24شکل 1-6 آنالیز MLVA بوسیله MST                                                                   25شکل 1-7، مزایای  MLVA                                                                       26شکل 1-8، مراحل انجام MLVA                                                                 27شکل 4-1، میزان خلوص DNA نمونه ی شماره ی 53                                        57شکل 4-2، میزان خلوص DNA نمونه ی شماره ی 24                                        57شکل 4-3، لوکوس ENTR6                                                                      58شکل 4-4، لوکوس SE4                                                                           59شکل 4-5، لوکوس SE4                                                                           60شکل  4-6، لوکوسSE6                                                                           61شکل 4-7، لوکوس SE6                                                                           62شکل 4-8، لوکوسSE7                                                                            63شکل 4-9، لوکوسSE7                                                                             64شکل 4-10، لوکوسSE8                                                                          65شکل 4-11، لوکوسSE8                                                                          66شکل 4-12، لوکوسSE10                                                                        67شکل 4-13، لوکوسSE10                                                                        68شکل 4-14، لوکوسSENTR2                                                                   69شکل 4-15، لوکوسSENTR2                                                                   70شکل 4-16، لوکوسSENTR3                                                                   71شکل 4-17، لوکوسSENTR3                                                                   72شکل 4-18، آنالیز داده های VNTR با استفاده از الگوریتم MST.                          75شکل  4-22، درختچه ی NJ                                                                      76  

چکیده فارسی :

مقدمه:سالمونلاانتریکا سبب ایجاد سالمونلوزیس در انسان می شود. سالمونلا انتریکا سرووار انتریتیدیس، دومین سروتایپی می باشد که در سطح دنیا سبب ایجاد سالمونلوزیس می شود. تکنیک MLVA، یکی از روش های نوین ژنوتایپینگ جهت تمایز ایزوله های باکتریایی در همه گیری ها و یا تعیین قرابت فیلوژنتیکی این ایزوله ها می باشد. هدف از این پژوهش، ژنوتایپینگ سویه های سالمونلا انتریتیدیس جدا شده از نمونه های بالینی  در تهران  بر پایه ی روش MLVA.مواد و روش ها: در این پژوهش، 51 ایزوله ی سالمونلا انتریکا سرووار انتریتیدیس از نمونه های بالینی در طی سال های 1387 تا 1389 در تهران جدا شدند. ایزوله های سالمونلا انتریتیدیس با استفاده از تکنیک های بیوشیمیایی و سرولوژیکی تایید شدند. جهت انجام تکنیک MLVA، از هشت لوکوس VNTR استفاده شد.نتایج: 10 ژنوتایپ متفاوت MLVA، در این پزوهش شناسایی شد. با استفاده از روش MST، 51 ایزوله ی سالمونلا انتریتیدیس در 2 کلونال کمپلکس قرار گرفتند. همچنین با استفاده از تکنیک NJ، این ایزوله ها در دو کلاستر جای گرفتند.بحث و نتیجه گیری: نتایج حاصل از این پژوهش نشان داد که تکنیک MLVA، یک روش قدرتمند و آسان می باشد و می توان از این تکنیک در اپیدمی ها ی ناشی از سالمونلا انتریتیدیس استفاده نمود.کلمات کلیدی: سالمونلا، MLVA، VNTR

کلیات تحقیق

  • بیان مسئله

سالمونلا[1] باسیل گرم منفی،واجدتاژک پری تریش وجزءخانواده­ی­انتروباکتریاسه­می­باشد.گروه سالمونلا شامل یک جنس منفرد به نام سالمونلا است. این جنس شامل ارگانیسم هایی است که قبلا تحت عنوان سالمونلا و آریزونا شناخته می شدند. وقتی سالمونلا ها از طریق مسیر خوراکی به انسان و حیوانات منتقل شوند، بیماریزا هستند. این باکتری از طریق حیوان و فروارده های حیوانی به انسان سرایت     می کنند و موجب تب روده ای، مسمومیت های غذایی و گاستروانتریت در انسان می شوند(7).طبقه بندی سالمونلا در طی سالیان متمادی دچار تغییرات زیادی شده است. سالمونلا گروه بزرگی از باکتری های روده ای شامل تقریبا 2200 سروتایپ می باشد. بر مبنای مدل اخیر طبقه بندی CDC تنها یک گروه منفرد از سالمونلا وجود دارد که به هفت زیر گروه(1،2،،a3،b3،4،5،6) طبقه بندی می شوند. طبقه بندی اخیر بر مبنای شباهت ژنتیکی ایزوله های سالمونلا) 16S r RNA) است. سیستم های طبقه بندی قدیمی تر شامل 1) طبقه بندی کافمن_وایت: که هر سروتایپ را به صورت یک گونه منفرد سالمونلا شناسایی می کند. 2) سیستم ادواردز_اوینگ: که سالمونلاها را به سه گونه( سالمونلا کلراسوئیس، سالمونلا تایفی، سالمونلا انتریتیدیس) و صدها سروتایپ تقسیم بندی می کند. 3) مدل هیبریداسیون DNA: که سالمونلا ها را به یک گونه به نام سالمونلا انتریتیدیس و زیر گونه های اریزونه[2]، بونگوری[3]، دی اریزونه[4]، انتریکا[5]، سالاما[6]،هاتنا[7]، تقسیم می نمایند که طبقه بندی CDC        با کمی تغییر از همین طبقه بندی استفاده می کند (4-6).روش های مختلفی برای جداسازی باکتری سالمونلا از نمونه های محیطی وجود دارند که شامل: روش های کشت سنتی و بیوشیمیایی، سرولوژی و مولکولی می باشد. در کشت سنتی از محیط های پیش انتخابی و اختصاصی نظیر S.S Agarو XLD Agar استفاده می شود. روش های سرولوژی براساس واکنش انتی بادی با انتی ژن تولیدی توسط باکتری می باشد.استفاده از روش های سرولوژیک بدلیل تنوع گسترده خصوصیات آنتی ژنتیکی باکتریایی و نیاز به طیف گسترده و وسیعی از آنتی بادی ها و همچنین هزینه گزاف تولید و مصرف آن، به مرور جایگاه خود را از دست داده اند. تا کنون از روش های مولکولی متنوعی جهت ژنوتایپینگ گونه های مختلف سالمونلا استفاده شده است. به کارگیری این روش ها، اهمیت ویژه ای در پژوهش های اپیدمیولوژیکی دارد . با شروع عصر مولکولی دانشمندان رویکرد خود را از فنوتیپ به ژنوتیپ تغییر داده اند.روش های مختلفی مثل Rep- PCR، RAPD- PCR، Ribotyping، PFGE، MLST و MLVA جهت ژنتوتایپینگ سویه های سالمونلا تا به حال مورد استفاده قرار گرفته است بطوریکه هریک ازاین­روش ها معایب و مزایایی دارند، که در این میان روش MLVA[8] از روش هایی مولکولی جدید و نوینی جهت ژنوتایپینگ باکتریایی مطرح شده است و بر این اساس توسعه یافتهُ است(7).این روش با مزایایی که نسبت به تکنیک PFGE[9] دارد روز به روز به اهمیت و محبوبیت آن افزوده می شود. بطوریکه در آینده جایگاه ویژه ای در بین اپیدمیولوژیست ها خواهد داشت. در تکنیک MLVA  بطور خاص، توالی های تکراری پشت سر هم[10] مورد بررسی و ارزیابی قرار می گیرند و از نظر تعداد تکرار های VNTR[11] با یکدیگر مقایسه می شوند. مجموعه ای از این تکرار ها بصورت دسته ای از اعداد که در اصطلاح پروفایل اللی[12]  گفته می شود.  برای هر سویه باکتری نمایش داده می شود و به عنوان یک کد اطلاعاتی برای آن سویه در نظر گرفته می شود. (7)MLVA  دارای مزایای زیادی نسبت به PFGE  می باشد. در MLVA تنها نیاز به دستگاه PCR است و این روش یک تکنیک PCR-bassed میباشد در حالیکه در PFGE نیاز به امکانات و تجهیزات مخصوص و پر هزینه است. در MLVA تنها داشتن DNA باکتری کافیست در حالیکه در PFGE نیاز به باکتری زنده است.هزینه MLVA به مراتب از PFGE کمتر است و بسیار سریع تر از آن انجام پذیر می باشد. و نکته بسیار مهم اینست که، داده های حاصل از MLVA از آنجایی که بصورت مجموعه ای از ارقام ذخیره می شود را می توان به راحتی در بانک های اطلاعاتی ذخیره نمود و با نتایج سایر پژوهشگران مقایسه نمود هر چند چنین چیزی در PFGE دیده نمی شود گرچه تلاش های مانند شبکه Plus Net در جهت حل این موضوع ایجاد شده است.به این ترتیب MLVA بعنوان یک تکنیک جایگزین  PFGE برای کشور های در حال توسعه مطرح می باشد (7).هر گونه باکتریایی، توالی های VNTR مخصوص به خود را دارد که می توان با طراحی پرایمر برای آنها، الل مورد نظر را تکثیر داد و از نظر تعداد تکرار مورد بررسی قرار داد. در طرح حاضر سعی شده است ­با انتخاب توالی هایVNTR  مناسب، یک روش جدید، کم هزینه، سریع برای ژنوتایپینگ سویه های سالمونلا انتریکا سرووار انتریتیدیس[13] بکار گرفته شود تا در آینده بتواند جایگزین روش های گرانقیمتی مانند PFGE شود و بتوان از آن در آزمایشگاه های تحقیقاتی که تنها تجهیز به دستگاه PCR باشند، استفاده نمود و بتواند به سرعت هر نوع اپیدمی را شناسایی کند و پژوهشگران بتوانند نتایج خود را با یکدیگر مقایسه نمایند(7).تعداد صفحه : 111قیمت : 14000تومان

بلافاصله پس از پرداخت ، لینک دانلود پایان نامه به شما نشان داده می شود

و در ضمن فایل خریداری شده به ایمیل شما ارسال می شود.

پشتیبانی سایت :        09309714541 (فقط پیامک)        info@arshadha.ir

در صورتی که مشکلی با پرداخت آنلاین دارید می توانید مبلغ مورد نظر برای هر فایل را کارت به کارت کرده و فایل درخواستی و اطلاعات واریز را به ایمیل ما ارسال کنید تا فایل را از طریق ایمیل دریافت کنید.

--  -- --

مطالب مشابه را هم ببینید

فایل مورد نظر خودتان را پیدا نکردید ؟ نگران نباشید . این صفحه را نبندید ! سایت ما حاوی حجم عظیمی از پایان نامه های دانشگاهی است. مطالب مشابه را هم ببینید. برای یافتن فایل مورد نظر کافیست از قسمت جستجو استفاده کنید. یا از منوی بالای سایت رشته مورد نظر خود را انتخاب کنید و همه فایل های رشته خودتان را ببینید