پایان نامه ارشد رشته زیست شناسی :طراحی، انالیز بیوانفورماتیکی، همسانه سازی و بیان مولتی توپ انتی ژن

متن کامل پایان نامه مقطع کارشناسی ارشد رشته  زیست شناسی گرایش میکروبی

با عنوان :  طراحی، انالیز بیوانفورماتیکی، همسانه سازی و بیان مولتی توپ انتی ژن

در ادامه مطلب می توانید تکه هایی از ابتدای این پایان نامه را بخوانید

و در صورت نیاز به متن کامل آن می توانید از لینک پرداخت و دانلود آنی برای خرید این پایان نامه اقدام نمائید.

دانشگاه ازاد اسلامی

واحد دامغان

دانشکده علوم پایه

رساله برای دریافت درجه کارشناسی ارشد در رشته بیوتکنولوژی

گرایش میکروبی

عنوان

طراحی، انالیز بیوانفورماتیکی، همسانه سازی و بیان مولتی توپ انتی ژن اختصاصی کارسینومای سلول های سنگفرشی مری

استاد راهنما

دکتر محمد مهدی فرقانی فرد

 استاد مشاور

دکتر محمدرضا عباس زادگان

برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده درج نمی شود

تکه هایی از متن به عنوان نمونه : (ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)

چکیده

مقدمه

سرطان مری به عنوان ششمین سرطان شایع و عامل مرگ و میر بر اثر سرطان در بین افراد می باشد. با وجود روش های درمانی موجود مانند جراحی، رادیوتراپی و شیمی درمانی، میزان بقاء پنج ساله بیماران در حدود %10 تا %13 می باشد. فقدان علایم زودرس اولیه موجب می شود که در زمان تشخیص، بیماری در مراحل پیشرفته باشد. کارسینوم سلول های سنگفرشی مری یکی از دو نوع سرطان مری است که بیشتر در مردان و افراد بالای 50 سال سن دیده می شود. بیان مولکول چسبندگی سلول های اپی تلیالی یا EpCAM در انواع سرطان های گوارش به خصوص سرطان مری افزایش می یابد. هم چنین در مراحل مختلف سرطانی شدن، با پیشرفت بیماری، بیان ان بیشتر می شود. از این جهت می توان از ان به عنوان مارکری مناسب جهت درمان سرطان استفاده کرد. در این مطالعه ما بر ان شدیم که با استفاده از دو اپی توپ ایمیونوژن پروتئین EpCAM و اتصال انها به کمک لینکری مناسب، یک مولتی توپ کایمریک ایمیونوژن ایجاد و زمینه را برای استفاده از ان جهت تولید واکسن و یا کیت تشخیصی سرطان مری فراهم کنیم.

روش کار

در این مطالعه ابتدا اپی توپ های مورد نظر به کمک بانک های اطلاعاتی ژنی انتخاب شدند. سازه ی نو ترکیب طراحی شد. سپس با انالیز های بیو انفورماتیکی و کامپیوتری، خواص مهم مثل پایداری، انرژی، فولدینگ مناسب، ایمنی زایی و … ، که در سنتز این مولتی توپ مهم هستند را مورد بررسی قرار دادیم. ژن طراحی شده به روش شیمیایی سنتز شد و سپس با استفاده از فرایند کلونینگ، قطعه ژنی سنتز شده را به کمک پلاسمید بیانی pet-28a درون سیستم پروکاریوتی انتقال داده و تکثیر کردیم. در انتها نیز بیان مولتی توپ کایمریک طراحی شده را در باکتری های نو ترکیب با القاگر مناسب القا کرده و وجود پروتئین مورد نظر را به کمک تکنیک SDS-page مورد بررسی قرار دادیم.

بحث و نتیجه گیری

مولتی توپ کایمر طراحی شده دارای پایداری و انرژی مناسبی بوده و می تواند به مانند اپی توپ های پروتئین اصلی خاصیت ایمنی زائی داشته باشد. این قطعه ژنی توانایی کلون شدن در میزبان پروکاریوتی را دارا بوده و باکتری قادر است به کمک القاگر مناسب به میزان فراوانی پروتئین کایمریک مورد نظر را تولید کند. از این جهت می توان از این پروتئین نوترکیب برای تهیه کیت تشخیصی سرطان مری به واسطه تکنیک الایزا استفاده برد. همچنین می توان با تزریق این پروتئین نوترکیب به عنوان واکسن، سیستم ایمنی فرد را جهت پیش گیری از ابتلا به سرطان تقویت نمود.

واژه های کلیدی: سرطان مری، EpCAM، مولتی توپ کایمر، کلونینگ

1-1 سرطان مری

سرطان مری[1] با نزدیک به 000/400 مورد منجر به مرگ در سال، ششمین عامل مرگ ومیر ناشی از سرطان در جهان است. میزان مرگ ومیر ناشی از سرطان مری در سال، از حدود 3 در105 نفر در سفید پوستان ایالات متحده آمریکا تا بیش از 100 در 105 نفردر برخی از نواحی کشور چین متغیر است. این سرطان به انواع گوناگونی تقسیم میشود که دو نوع کارسینوم سلول های سنگفرشی مری[2](ESCC) و آدنوکارسینوم مری[3] (EAC) آن بسیار رایج است. (کمانگر و همکاران، 2007) اگر چه عامل های خطر و اپیدمیولوژی ESCC  و EAC با هم متفاوت اند ، اما پیش آگاهی هر دو بسیار ضعیف است به نحوی که بقای پنج ساله بیماران ، 10 تا 13 درصد گزارش شده است. (سمپلینر و همکاران، 2009)[4]

در مورد تاریخچه ی بیماری، تا سال 1970 بیش از 90% سرطان مری از نوع سنگفرشی و نوع ادنوکارسینومایی تقریبا نادر بوده و از این زمان به بعد نوع ادنوکارسینومایی رشد یکنواختی را شاهد بوده است. مطالعات ایپدمیولوژی گسترده ای در کشورهای مختلف در زمینه عامل های خطر، بروز وشیوع انجام گرفته است . در مطالعات انجام گرفته در زمینه ی بروز EAC در ایالات متحده آمریکا ، مشخص شده است که در سال 2000 سرعت افزایش بروز آن نسبت به سایر سرطان ها پیشی گرفته است و رشدی بین 3 تا 5 برابر در نژادهای مختلف در فاصله ی زمانی بین سال های 1975 تا 2004 گزارش شده است. (دمیستر، 2009)[5] در سال 2009 در ایالات متحده آمریکا ، EAC  دو سوم موارد سرطان مری را به خود اختصاص داده است. (ژو، 2009)[6] این درحالی است که در کشورهای شرق آسیا و آسیای مرکزی از جمله ایران ، ESCC رایج تر است. (دمیستر، 2009) مطالعات انجام شده در ایران نشان دهنده میزان بالای خطر ابتلا به سرطان مری در نواحی ساحلی دریای خزر بویژه در استان گلستان است. (کمانگر و همکاران، 2007) هم چنین مطالعات سال 2008 که در استان کرمان انجام گرفته است بیان گر افزایش 11 درصدی خطر ابتلا به EAC  در سال است ، در حالی که خطر ابتلا به ESCC  کم و بیش ثابت بوده است. (حق دوست و همکاران، 2008) در شکل 1-1، براورد حاصل از میزان شیوع و مرگ و میر ناشی از سرطان مری در جهان در سال 2004، نشان داده شده است.

شکل1-1. میزان مرگ و میر ناشی از سرطان مری در سال 2004. داده ها در مقیاس هر 100.000 نفر محاسبه شده اند. (سازمان بهداشت جهانی، 2009)[7]

1-1-1 تعیین مرحله بیماری

تشخیص مرحله بیماری یکی از مهم ترین مواردی است که در چگونگی درمان و وضعیت بالینی تاثیر دارد. تعیین مرحله ی بیماری، کوششی دقیق جهت اطلاع از توسعه و پیشرفت سرطان و این که سرطان به چه قسمت هایی از بدن بیمار پیشرفت کرده است، می باشد. هم چنین به پزشک کمک می کند تا برنامه ی درمانی را طراحی نماید.

چهار مرحله بیماری عبارت است از :

مرحله ی I : سرطان تنها محدود به لایه های بالایی سلول های مخاط مری است.

مرحله ی II : سرطان لایه های عمیق تر مخاط مری را در بر گرفته یا به عقده های لنفاوی مجاور مری انتشار پیدا کرده است. در این مرحله، سرطان به دیگر قسمت های بدن انتشار نمی یابد.

مرحله ی III : سرطان بصورت عمیق داخل دیواره ی مری را مورد تهاجم قرار داده است و به بافت ها یا عقده های لنفاوی مجاور مری انتشار پیدا نموده است. سرطان هنوز به دیگر قسمت های بدن انتشار پیدا نکرده است.

مرحله ی IV : سرطان به سایر قسمت های بدن انتشار یافته است. سرطان مری تقریبا در هر قسمتی از بدن بیمار مانند کبد، ریه ها، مغز و استخوان ها می تواند انتشار یابد. (فرقانی فرد، 2010)

1-1-2 عوامل خطر زا در ابتلا به سرطان مری

این سرطان مانند دیگر سرطان ها حاصل مجموعه ای از عوامل محیطی و تغییرات ژنتیکی است . عامل های خطر در EAC و ESCC با هم متفاوت است ، به عنوان مثال عامل های محیطی و رژیم غذایی به شدت با ESCC در ارتباط هستند اما رفلاکس ( جریان برگشتی )، معدی- مروی[8] مکرر و واکنش های التهابی پس از آن نقش بسیار مهمی در ابتلا به EAC دارد . (ژو، 2009) دود تنباکو ، مصرف الکل ، سوء تغذیه ، کمبود سلنیوم ، کمبودی روی را می توان از عوامل محیطی مهم موثر نام برد. (کمانگر و همکاران، 2007) طبق مطالعات انجام شده توقف مصرف الکل و تنباکو خطر ابتلا به این سرطان را بسیار کاهش می دهد. (جاب و همکاران، 2009)[9] به نظر می رسد که ESCC همراه با ویروس پاپیلومای انسانی [10] (HPV ) معمولا در کشورهایی که خطر بالاتری برای ESCC دارنده رایج تر است . HPV ویروسی است که علت اصلی سرطان گردن رحم محسوب می شود. مطالعات انجام شده در سال 2002 نشان داده است که DNA این ویروس در 2/15 درصد ESCC ها وجود دارد . ( حسین[11] و همکاران، 2009 : هررا [12]و همکاران، 2009)

1-1-3 تغییرات مولکولی در سرطان مری

در ایجاد سرطان، عوامل مولکولی و ژنتیکی نیز می توانند دخیل باشند که در مورد سرطان مری این عوامل می تواند با توجه به نوع ان متفاوت باشد :

1-1-3-1 تغییرات مولکولی در EAC

رفلاکس معدی – مروی مزمن به عنوان مهم ترین عامل تاثیرگذار در ایجاد EAC در نظر گرفته می شود . افزایش خطاهای کروموزومی ، تغییرات ژنتیکی ویژه و ناهنجاری های اپی ژنتیکی ژن های سرکوب گر تومور ، مشخص کننده این بدخیمی می باشد . تغییرات دیگر شامل افزایش فعالیت تلومراز و تغییرات اپی ژنتیکی مانند متیله شدن مضاعف از دیگر عوامل مولکولی در EAC هستند . (جاب و همکاران، 2009)

1-1-3-2 تغییرات مولکولی در ESCC

بر خلاف آدنوکارسینوم مری ، عامل های خطر و سازوکارهای متفاوت مولکولی در ایجاد ESCC نقش دارند. (جاب و همکاران، 2009) نمونه های مرسوم ژن های سرکوب گر تومور شامل Rb و P53 است که مطالعات ، نقش جهش در این دو ژن را در مراحل آغازین ESCC نشان داده است . از دیگر عوامل، جهش در ژن BCL-2 که نقش ضد آپوپتوزی دارد، می توان نام برد. (جاب و همکاران، 2009 ; نوری دلوئی و یعقوبی، 1999) یکی از عامل های تاثیر گذار روی عملکرد ژن های سرکوب کننده تومور، ریزماهواره ها[13] هستند . تغییرات در این ریزماهواره ها می تواند سلول های طبیعی را به سلول های نامیرا و نئوبلاستی تبدیل کند . برخی از جایگاه های ریزماهواره ها و جایگاه های ژن های سرکوب کننده تومور در نزدیکی هم قرار گرفته اند که به نام نقاط داغ معروف هستند و در غیر فعال کردن ژن های سرکوب کننده تومور نقش دارند. (نوری دلوئی، 2009 ; ان[14] و همکاران، 2005) از دیگر عوامل می توان به تغییرات اپی ژنتیکی به ویژه متیله شدن بازهای ناحیه ی پروموتر ژن اشاره کرد که موجب غیر فعال شدن ژن های سرکوب کننده تومور و تنظیم چرخه ی سلولی می شود . (نوری دلوئی و شریفی، 2001) مطالعات مولکولی سرطان مری، ناهنجاری های ژنتیکی مانند دگرگونی در بیان ژن های p53 ،p16 ، سیکلین D1 ، E-Cadherin   ، C-myc و … را در EAC و ESCC نشان داده است . در بسیاری از موارد دگرگونی های ژنتیکی معینی به طور مشترک در EAC و ESCC مشاهده شده است . اما در برخی از موارد بیان مکرر و نابه جای ژن ها در یکی از انواع سرطان مری بیش از نوع دیگر ذکر شده است . بیان ژن های تغییر یافته اغلب با عامل های خطر سرطان مری ارتباط نزدیکی دارند. ( اکا[15] و همکاران، 2009 ; اینگراوالو[16] و همکاران، 2009)

1-1-4 درمان های رایج سرطان مری

درمان وقتی ارزشمند است که در مراحل اولیه بیماری باشد زیرا کمتر از 20 درصد بیماران بعد از 5 سال زنده می مانند. با اینکه پیش اگاهی سرطان مری در سه دهه اخیر به شکل ارامی بهبود یافته است اما هنوز میزان بقای 5 ساله بیماران بسیار پایین است. دلایل مختلفی را می توان مسبب ان دانست:

– عدم کفایت روش های غربال گری بیماران

– شناسایی سرطان در مرحله پیشرفته، به طوری که نیمی از بیماران در مرحله ی غیر قابل جراحی و متاستاز قرار دارند.

– ریسک بالای عود بیماری بعد از جراحی و شیمی درمانی

– عدم دسترسی به یک روش غیر تهاجمی قابل اطمینان

– بقاء محدود در مورد بیماران غیر قابل جراحی و متاستاتیک شیمی درمانی شده به عنوان درمان تسکینی

درمان سرطان مری بستگی به عواملی از قبیل اندازه، موقعیت و وسعت تومور و سلامتی عمومی بیمار دارد. بیماران اغلب توسط گروهی از پزشکان متخصص شامل متخصصین گوارش، انکولوژیست بالینی و انکولوژیست رادیوتراپی درمان می شوند. درمان سرطان، باعث تحریک دهان شده و خطر عفونت دهان را افزایش می دهد، لذا پزشکان اغلب به مبتلایان سرطان مری توصیه می کنند جهت معاینه ی دندان و درمان بیماری های ان، قبل از شروع درمان، به دندانپزشک مراجعه کنند.

درمان های متفاوت و ترکیب های درمانی متعددی برای کنترل سرطان و یا بهبود کیفیت زندگی بیماران از طریق کاهش علایم و نشانه ها مورد استفاده قرار می گیرد.

1-1-4-1 جراحی

شایع ترین درمان سرطان مری، جراحی است. معمولا جراح کل تومور یا قسمتی از مری و عقده های لنفاوی مجاور تومور و سایر بافت های ناحیه را بر میدارد. عمل برداشتن مری ازوفاگوستومی نام دارد. جراح قسمت های سالم باقی مانده مری را به معده وصل می کند. بنابر این بیمار باز هم قادر به عمل بلع می باشد. گاهی نیز از لوله های پلاستیکی یا بخشی از روده، جهت ارتباط بین مری و معده استفاده می گردد. همچنین ممکن است جراح، مجرای بین معده و روده ی باریک را پهن تر کند تا محتویات معده اسان تر به درون روده ی باریک وارد شود. جراحی تمام تومور تنها در 40 درصد بیماران امکان پذیر است و ممکن است سلول های توموری در حاشیه ناحیه ی تومور باقی بمانند. گاهی اوقات عمل جراحی بعد از اتمام سایر درمان ها انجام می گیرد.

1-1-4-2 رادیوتراپی

رادیوتراپی استفاده از اشعه ی ایکس جهت از بین بردن سلول های توموری می باشد. رادیوتراپی فقط روی سلول های توموری تحت درمان موثر واقع می شود. پرتو ممکن است از دستگاهی در خارج از بدن (رادیوتراپی خارجی) و یا از مواد رادیواکتیوی که درون یا مجاور تومور قرار داده می شوند، خارج شود (رادیوتراپی داخلی). لوله ی پلاستیکی به درون مری وارد می شود تا در هنگام رادیوتراپی مری باز نگه داشته شود. رادیوتراپی ، بیمار را از عوارض جراحی مصون نگه می دارد مخصوصا اگر اندازه یا موقعیت تومور عمل جراحی را مشکل افرین نماید، اما غالبا اثر کمتری بر نشانه های انسدادی پیشرفت سرطان دارد و فقط می توان آن را به عنوان راه درمانی اولیه و سریع در نظر گرفت. رادیوتراپی می تواند به تنهایی یا همراه با شیمی درمانی به کار گرفته شود. پزشکان از رادیوتراپی به همراه شیمی درمانی برای کوچک کردن اندازه تومور قبل از جراحی استفاده می کنند. حتی اگر تومور را نتوان به وسیله ی جراحی خارج نمود و یا توسط رادیوتراپی بطور کامل از بین برد، رادیوتراپی اغلب به تسکین درد کمک کرده وعمل بلع را راحت تر می سازد.

تعداد صفحه :87

قیمت : چهارده هزار تومان

بلافاصله پس از پرداخت ، لینک دانلود به شما نشان داده می شود

و به ایمیل شما ارسال می شود.

پشتیبانی سایت :        09124404335        info@arshadha.ir

در صورتی که مشکلی با پرداخت آنلاین دارید می توانید مبلغ مورد نظر برای هر فایل را کارت به کارت کرده و فایل درخواستی و اطلاعات واریز را به ایمیل ما ارسال کنید تا فایل را از طریق ایمیل دریافت کنید.

شماره کارت :  6037997263131360 بانک ملی به نام محمد علی رودسرابی

11

مطالب مشابه را هم ببینید

فایل مورد نظر خودتان را پیدا نکردید ؟ نگران نباشید . این صفحه را نبندید ! سایت ما حاوی حجم عظیمی از پایان نامه های دانشگاهی است. مطالب مشابه را هم ببینید. برای یافتن فایل مورد نظر کافیست از قسمت جستجو استفاده کنید. یا از منوی بالای سایت رشته مورد نظر خود را انتخاب کنید و همه فایل های رشته خودتان را ببینید