پایان نامه ارشد رشته شیمی آلی : محاسبات ab initio‌ و QSAR داروهای ضد سرطان کمپلکس های پلاتین و پالادیم

دانلود متن کامل پایان نامه مقطع کارشناسی ارشد رشته شیمی

گرایش آلی

با عنوان :  محاسبات ab initio‌ و QSAR داروهای ضد سرطان کمپلکس های پلاتین و پالادیم

دانشگاه آزاد اسلامی

واحد رشت

دانشکده علوم پایه

گروه آموزشی شیمی

پایان نامه تحصیلی جهت اخذ درجه کارشناسی ارشد                                                                        

رشته شیمی   گرایش آلی

عنوان:

محاسبات ab initio‌ و QSAR داروهای ضد سرطان کمپلکس های پلاتین و پالادیم

استاد راهنما:

دکتر ربابه صیادی کردآبادی

 استاد مشاور:

دکتر حسین فلاح باقر شیدایی

برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده پایان نامه درج نمی شود

تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :

(ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)

چکیده

محاسبات ab initio‌ و QSAR داروهای ضد سرطان کمپلکس های پلاتین و پالادیم

فرشته موسی پور

کمپلکس های ضد سرطان پلاتین و پالادیم با لیگاندهای نیتروژن دهنده ابتدا با روش B3LYP/LANL2DZ بهینه شدند. در ترکیبات دارویی پلاتین با استفاده از نرم افزار Dragon و محاسبات Spss و روش MLR و Unscrambler بهترین و مؤثرترین داروی ضد سرطان پلاتین با مناسب ترین توصیف کننده ها پیشنهاد شد.در ترکیبات ضد سرطان پالادیم واکنش فلز پالادیم با اتم N7 گوانین و آدنین با روش B3LYP/LANL2DZ بهینه شد و با توجه به محاسبات ،اتصال پالادیم به N7 گوانین مناسب تر است که در این با نتایج تجربی سازگار است. ]81 و82[

کلید واژگان: پالادیم – پلاتین- ضد سرطان- آدنین-گوانین

فهرست مطالب

عنوان                                                                                 صفحه

چکیده فارسی…………………………………………………………………………………………………….. ج

چکیده انگلیسی…………………………………………………………………………………………………… b

فصل اول ـ QSAR و کمپلکس های ضدسرطان پلاتین و پالادیم

1-1-مقدمه………………………………………………………………………………………………………… 2

1-2- وابستگی کمی ساختار ـ فعالیت(QSAR)…………………………………………………………. 2

1-3- توسعه تاریخی  QSAR………………………………………………………………………………. 4

1-4- مراحل انجام QSAR………………………………………………………………………………….. 8

1-5- انتخاب سری مولکولی ………………………………………………………………………………… 9

1-6- رگرسیون خطی چندگانه……………………………………………………………………………….. 9

1-7 Gaussian…………………………………………………………………………………………………. 11

1-8- انواع ورودی Gaussian……………………………………………………………………………… 11

1-9- شیمی های مدل………………………………………………………………………………………….. 13

1-10- روش ها ………………………………………………………………………………………………… 13

1-11- مجموعه های پایه …………………………………………………………………………………….. 13

1-12- توابع BLYP و  B3LYP………………………………………………………………………….. 15

1-13- سرطان …………………………………………………………………………………………………… 15

1-14- نقش کمپلکس های پلاتین در درمان سرطان …………………………………………………… 16

1-15- پیشینه تحقیق در مورد انواع کمپلکس های پلاتین …………………………………………….. 19

1-16- نقش کمپلکس های پالادیم در درمان سرطان …………………………………………………… 20

1-17- پیشینه تحقیق در مورد کمپلکس های پالادیم……………………………………………………. 21

                                           

                                               فصل دوم: روش محاسبات

2-1- استفاده از نرم افزار Chem Draw…………………………………………………………………… 24

22- استفاده از نرم افزار Hyper Chem و Chem 3D و G98……………………………………… 24

2-3- استفاده از نرم افزار Dragon…………………………………………………………………………. 24

2-4 استفاده از نرم افزار Spss و Unscrambler……………………………………………………….. 25

فصل سوم: نتایج

3-1- ساختارهای بهینه شده کمپلکس های ضدسرطان پلاتین ……………………………………….. 27

3-2- محاسبات Spss در کمپلکس های بهینه شده پلاتین …………………………………………….. 34

3-3- محاسبات Unscrambler کمپلکس های بهینه شده پلاتین………………………………………. 36

3-4- ساختارهای کمپلکس های پالادیم بهینه شده با گوانین و آدنین ………………………………. 38

فصل چهارم: بحث و نتیجه گیری

4-1- نتایج حاصل از کمپلکس های پلاتین ………………………………………………………………. 51

4-2- پیشنهادات برای کار با پلاتین ………………………………………………………………………… 51

4-3- نتایج حاصل از کمپلکس های پالادیم ……………………………………………………………… 51

4-4- پیشنهادات برای کار با پالادیم ……………………………………………………………………….. 52

فصل پنجم: منابع…………………………………………………………………………………………………………………………..53

مقاله های ارائه شده…………………………………………………………………………………………………………………………61

– مقدمه

برای درک مکانیسم فرآیندهای مختلف شیمیایی، کشف و توسعه مواد جدید، حفظ محیط زیست و زمینه های دیگر شیمی، هنوز توانایی حل مسائل به طور کامل وجود ندارد و برای حل این مشکل، روش های محاسباتی کمومتریکس می توانند مفید باشند. به تجزیه و تحلیل آماری و ریاضی داده های شیمیایی معمولاً تحت عنوان کمومتریکس[1] یاد می شود. به عبارتی دیگر کمومتریکس یک روش کارآمد برای خلاصه کردن اطلاعات مفید از یک سری داده مشخص و پیش بینی داده های دیگر است. در حقیقت هدف کمومتریکس، بهبود بخشیدن فرآیندهای اندازه گیری و استخراج اطلاعات شیمیایی مفیدتر از داده های اندازه گیری شده فیزیکی و شیمیایی است.

1-2- وابستگی کمی ساختار ـ فعالیت[2] (QSAR)

یکی از زمینه های مهم کاربرد کمومتریکس در مطالعاتی است که خواص مولکول ها را به ویژگی های ساختاری آنها نسبت می دهد. از نظر شیمی دانان فعالیت و خواص یک ترکیب ناشی از ویژگی های ساختاری آن است. این نوع از مطالعات به بررسی کمی ارتباط ساختار با فعالیت (QSAR)، هدف از مطالعات (QSAR) پیدا کردن رابطه ای بین رفتار فیزیکی و شیمیایی یک مولکول با پارامترهای ساختاری آن است. نتایج این مطالعات علاوه بر شفاف سازی نحوه ارتباط بین خواص مولکول ها و ویژگی های ساختاری آنها به پژوهشگران در پیش بینی رفتار مولکول های جدید براساس رفتار مولکول های مشابه کمک می کند.

ارتباط کمی ساختار ـ فعالیت به نحوه ارتباط بین فعالیت بیولوژیکی و ساختار شیمیایی ترکیبات می پردازد. هدف QSAR، ایجاد رابطه ای منطقی بین کمیت ها و یا خواص ترکیبات (فعالیت) و ساختار شیمیایی آنها است و این قاعده برای مولکول های جدید مورد استفاده قرار می گیرد.از QSAR می توان برای توصیف خواص فیزیکی مانند حلالیت، هیدروفوبیسیته، دمای جوش، تحرک یونی، فعالیت بیولوژیک برای سمیت ژنی، مواد سرطان زا و غیره استفاده کرد و همچنین خواص بیولوژیکی مانند IC50، و خواص فضایی، هیدرفوبیسیته، و الکترونی را پیش بینی کرد. از کاربردهای دیگر QSAR می توان به محاسبه زمان بازداری ترکیبات، گرانروی، ثابت های بازی و اسیدی ترکیبات اشاره کرد [1-17].

فرمول بندی هزاران معادله با استفاده از روش QSAR گواه اعتبار مفاهیم و کاربرد آن در توضیح مکانیسم عملکرد داروها در سطح مولکولی و درک کامل تری از پدیده های فیزیکی مانند آبگریزی است [18]. در حال حاضر این امکان وجود دارد که علاوه بر توسعه مدلی برای یک سیستم، به مقایسه مدل ها از پایگاه داده های بیولوژیکی و به رسم شباهت ها با الگوهایی از پایگاه داده های آلی فیزیکی دست یافت [19]. این فرآیند، مدل استخراج[3] نامیده شده که یک رویکرد پیچیده برای مطالعه فعل و انفعالات شیمیایی و بیولوژیکی فراهم می کند.

1-3-توسعه تاریخی QSAR

QSAR برای اولین بار در قرن نوزدهم مورد استفاده قرار گرفت. در سال 1863 کروس[4] از دانشگاه استراسبرگ دریافت که سمیت الکل ها در پستانداران با کاهش حلالیت آنها افزایش پیدا می کند [20]. در سال 1865 براون[5] و فریزر به ارتباط بین فعالیت های فیزیولوژیکی و ساختار شیمیایی پی بردند [21] و اعلام کردند که عمل فیزیولوژیک ماده، تابع ترکیب شیمیایی و ساختار آن است [22]. چند دهه بعد، در سال 1893، ریچت[6] نشان داد که سمیت مجموعه ی متنوع از مولکول های آلی ساده به طور معکوس به حلالیت آن با آب وابسته است [23]. در سال 1899، هانس هرست مییر[7] از دانشگاه مربورگ و در سال 1897، چارلز ارنست اورتن[8] از دانشگاه زوریخ دریافتند که سمیّت ترکیبات آلی به چربی دوستی آنها بستگی دارد [20 و 24].

لوئیس هامت[9] دریافت که بین خواص الکترونیکی اسیدها و بازهای آلی و ثابت تعادل و واکنش پذیری آنها ارتباطی منطقی وجود دارد که این امر باعث توسعه این روش شد. رابرت مویر[10]، گیاه شناس، از دانشگاه پومونا، دریافت که دو اسید با فعالیت بیولوژیکی مشابه هر دو تنظیم کننده رشد گیاه هستند، طرح این موضوع با شیمیدانی به نام کروین هانش[11] باعث شد تا با درک اهمیت چربی دوستی این کمیت با تقسیم دارو بین اکتانول و آب تعیین شود [25-27].

در سال 1939 فرگوسن[12] تعمیم ترمودینامیکی نسبت به رابطه عمل افسردگی با اشباع نسبی از ترکیبات فرار در حاملی که در آن اجرا می شد را معرفی کرد [28]. کار گسترده ای از آلبرت2، و بل3 و رابلین4 بر روی اهمیت یونیزاسیون بازها و اسیدهای ضعیف در فعالیت باکتریوستاتیک انجام گردید [29-31]. در عین حال در عرصه شیمی فیزیک آلی، گام های بلندی برای اثرات جایگزینی در واکنش های آلی برداشته شد، که به الهام از کار اولیه هامت بود[32 و 33]. تفت5 راهی را برای تفکیک اثرات قطبی، فضایی و اثرات رزونانس ارایه کرد و اولین پارامتر فضایی، Es را معرفی نمود [34]. مشارکت هامت و تفت ، مبنای مکانیکی برای توسعه الگوهای QSAR توسط هانش و فوجیتا6 را پی ریزی کرد. در سال 1962 هانش و موییر نتایج جالب وابستگی ساختار فعالیت تنظیم کننده های رشد گیاه به ثابت هامت و آبگریزی را منتشر کردند [35]. با استفاده از سیستم آب / اکتانول، یک سری کامل از ضرایب تقسیم اندازه گیری شد و در نتیجه یک مقیاس جدید هیدروفوبیک معرفی شد. پارامتر ، که آبگریزی نسبی جایگزینی هست، در یک روش مشابه نسبت به سیگما، تعریف شد [36].

تعداد صفحه :71

قیمت : چهارده هزار تومان

بلافاصله پس از پرداخت ، لینک دانلود پایان نامه به شما نشان داده می شود

و در ضمن فایل خریداری شده به ایمیل شما ارسال می شود.

پشتیبانی سایت :        09124404335        info@arshadha.ir

در صورتی که مشکلی با پرداخت آنلاین دارید می توانید مبلغ مورد نظر برای هر فایل را کارت به کارت کرده و فایل درخواستی و اطلاعات واریز را به ایمیل ما ارسال کنید تا فایل را از طریق ایمیل دریافت کنید.

شماره کارت :  6037997263131360 بانک ملی به نام محمد علی رودسرابی

11

مطالب مشابه را هم ببینید

فایل مورد نظر خودتان را پیدا نکردید ؟ نگران نباشید . این صفحه را نبندید ! سایت ما حاوی حجم عظیمی از پایان نامه های دانشگاهی است. مطالب مشابه را هم ببینید. برای یافتن فایل مورد نظر کافیست از قسمت جستجو استفاده کنید. یا از منوی بالای سایت رشته مورد نظر خود را انتخاب کنید و همه فایل های رشته خودتان را ببینید